Как и многие истории, относящиеся к периоду его подпольной деятельности, путь Саддама к свободе стал частью его прижизненной легенды. В соответствии с планом побега, составленным Саддамом вместе с товарищами по партии — Абдель Керимом аш-Шейхли и Хасаном аль-Амири (Hasan al-Amiri), — трое заключенных должны были уговорить конвоиров во время следования в суд зайти в ресторан пообедать. Во время обеда двое из заключенных должны были спустя некоторое время войти в умывальную комнату, окна которой выходили прямо на улицу, где их ожидал автомобиль. А третий должен был в это время поддерживать беседу со стражниками и в ходе ее уговорить их дезертировать.
Все было разыграно как по нотам. Амири остался с полицейскими за обеденным столом, а Хусейн и Шейхли выбрались из умывальной комнаты и бросились к машине, которая поджидала их с открытыми дверями. За рулем сидел Саадун Шакер (Sa’dun Shakir), двоюродный брат Саддама, активный баасист (92).
После бегства из тюрьмы в июле 1966 года главная проблема, с которой столкнулся почитатель советского вождя, была связана с его отношением к сирийской партии Баас. 23 февраля 1966 года в результате военного переворота к власти в Дамаске пришла радикальная марксистская фракция партии Баас. Афлак и другие члены старой партийной гвардии были арестованы, а национальное командование было временно распущено.
Такое развитие событий в Дамаске сильно разочаровало Хусейна и его ближайших сподвижников. Тот факт, что сирийское руководство состояло из армейских офицеров, по мнению Саддама, было большим минусом. Такого нельзя будет допускать в Ираке. Хотя Хусейн испытывал острую необходимость в сотрудничестве с военными, дабы совершить переворот против президента Арефа, он и не помышлял разделять с ними в дальнейшем политическую власть. Саддам уже решил для себя: мощная и независимая военная сила всегда является потенциальной и реальной угрозой правящему режиму. А приход к власти марксистской фракции в Сирии вызвал страх возможного возрождения левого крыла иракской партии Баас — ослабленной, но полностью не уничтоженной.
Отвергая новую власть в Дамаске, Хусейн стал инициатором проведения чрезвычайного съезда иракской партии Баас. Цель — выработать общую позицию в связи с событиями в Сирии. Чрезвычайный региональный съезд, который проходил в условиях исключительной секретности в сентябре 1966 года, стал водоразделом в истории Баас. Съезд укрепил иракскую и сирийскую ветви партии идеологически и организационно. Единая партия Баас с региональными командованиями в дружественных странах прекратила свое существование. Появились две самостоятельные партии: одна — в Дамаске, а другая — в Багдаде. Но при этом обе твердили о своем правопреемстве. С этого времени и началось соперничество между Сирией и Ираком, которое было характерно для большего периода политической карьеры Саддама.
