Все выше приведенные принципы организации динамического взаимодействия функциональных систем базируются на избирательном созревании функциональных систем их отдельных звеньев в процессе пре- и постнатального онтогенеза. Функциональные системы формируются самим ходом процессов жизнедеятельности на протяжении всей индивидуальной жизни живых организмов, которые определяют последовательное формирование, становление, взаимодействие и последующую деструкцию тех или иных функциональных систем. Процесс последовательного и избирательного формирования функциональных систем в организме в пре- и постнатальном онтогенезе получил название «системогенез». Функциональные системы формируются не одновременно. Одни функциональные системы, особенно метаболического и гомеостатического уровня, генетически детерминированы; другие — складываются по мере формирования и удовлетворения метаболических и, в первую очередь, поведенческих потребностей.
Системогенез функциональных систем идет одновременно в трех направлениях (векторах), в чем проявляется общий материалистический принцип трехмерности любого развития. Горизонтальный вектор развития предполагает организацию функциональной системы в пределах одного структурного организационного уровня. Так последовательная молекулярная трансформация привела к организации такой функциональной системы, как клетка. Дальнейшая системная организация разнородных клеток привела к формированию следующей более широкой, но в то же время уже и вертикально интегрированной такой функциональной системы, как ткань. Здесь следует сказать, что речь идет не о морфологическом определении ткани как совокупности однородных клеток, а о функциональной системе, которая известна как структурно-функциональный элемент органа, включающий в себя межклеточное пространство, рецептор, сосуд, паренхиматозные, стромальные (соединительнотканный «скелет» ткани), гуморальные, иммунные и другие клетки. При последующем развитии процесса структурной и функциональной организации по двум (горизонтальный и вертикальный) векторам формируются функциональные системы более широкого свойства и более высокого иерархического уровня: орган — совокупность тканей с различными функциями, и физиологическая система — совокупность органов с различными функциями. Дальнейшая структурная и функциональная организация приводит к формированию организменных (совокупность физиологических систем) функциональных систем.
