Появившиеся качественно новые методические возможности, углубление познаний о законах построения живой материи, а также осознание исследователями того факта, что структура и функция неразрывно связаны и взаимообусловлены, инициировали трансформацию предметного методологического подхода в новый — морфофункциональный подход. С изменением методологии научного исследования последовательно претерпевали изменения и базовые медико-биологические понятия. По-иному определялся предмет и цель исследования. В свете морфофункционального методологического подхода предметом исследования стали структурные изменения в процессе реализации той или иной функции ткани, органа, системы или организма. Морфофункциональный подход и по сей день превалирует в медицинскойс науке.
Так как интегральным объектом изучения в медико-биологических науках является живой организм, который имеет сложную многоуровневую структуру и полифункциональную модальность, то начиная с работ Л. Ф. Берталанфи, в биологии и медицине постоянно присуттсвует системный подход. Системный подход в исследовании живых организмов в последние годы принимал разные формы. Так кибернетический подход предполагает изучение биологических систем с позиций теории управления (Р. Винер). Иерархический системный подход предполагает рассмотрение биологических процессов через взаимодействие его составных частей, в развитии от простого к сложному: молекула — клетка — ткань — орган (Парин В. В., Баевский Р. М., Чернух А. М. и др.). Мультикомпонентный и мультипараметрический принцип В. А. Шидловского предполагает исследовательский подход с позиций обеспечения одной и той же функции разным набором физиологических механизмов. Таким образом, в настоящее время наиболее прогрессивным принципом построения методологии в медико-биологических науках следует считать системный подход.
Системный подход — это направление методологии научного исследования, в основе которого лежит рассмотрение сложного объекта как целостного множества элементов в совокупности отношений и связей между ними, то есть рассмотрение объекта как системы (система — совокупность элементов и связей между ними). Говоря о системном подходе, можно говорить о некотором обобщенном исследовательском подходе. При этом системный подход является не столько методом решения задач, сколько методом постановки задач. Как говорится, «правильно заданный вопрос — половина ответа». Системный подход — это исследовательский подход, при котором любая система (объект) рассматривается как совокупность взаимосвязанных элементов (компонентов), имеющая выход (цель), вход (ресурсы), связь с внешней средой и обратную связь. С точки зрения системного подхода, организм — это система, имеющая цель своего существования, целевую функцию и состоящая из менее сложных подсистем (функция — процесс, происходящий внутри системы и имеющий определённый результат). Поэтому практически все современные медико-биологические науки построены по системному принципу. Системный подход представляет собой форму приложения теории познания и диалектики к исследованию процессов в биологических организмах (процесс — динамическое изменение системы во времени). Его сущность состоит в реализации требований общей теории систем, согласно которой каждый объект в процессе его исследования должен рассматриваться как большая и сложная система и, одновременно, как элемент более общей системы. В узко методическом смысле системный подход требует применения системных (комплексных) методов к исследованию явлений и процессов в живой биологической системе, в которой выделены элементы внутренних и внешних связей.
