Жизнь прихода храма святителя Николая в Кленниках была очень яркой, насыщенной; беседы и проповеди о. Сергия звали к духовному деланию, к работе над собою. Духовные чада интересовались иконописанием, посещали выставки древних икон, лекции видных искусствоведов. Свою духовную дочь М. Н. Соколову, впоследствии ставшую монахиней Иулианией, он благословил обучаться иконописи, в дальнейшем она стала известнейшим русским иконописцем, наставницей многих поколений художников.
Была восстановлена древняя архитектура нижнего этажа храма, по имевшимся в стенах нишам определили, что в левой части его находился алтарь. Здесь был воссоздан придел, освященный малым освящением в честь святого Алексия, человека Божия, собраны старинные иконы, поставлен иконостас в древнем стиле.
Своим многолетним трудом — около 20 лет его жизни было посвящено пастырству — священномученик Сергий сплотил вокруг себя людей, сумевших в дальнейшем сохранить общину.
В конце 1920-х — начале 1930-х годов наступил тяжелейший период в жизни Русской Православной Церкви, и храм святителя Николая в Кленниках не избежал общей участи.
В 1929 году начались массовые аресты духовенства и прихожан, принимавших активное участие в церковной жизни, по различным стандартным ложным обвинениям. Отец Сергий был взят в ночь с 28/29 октября вместе с о. Константином Ровинским, иеромонахом Саввой (Чиркиным) и несколькими братьями храма. Приговорены они были к 3-м годам ссылки. Отец Сергий получил направление в небольшой городок Вологодской области Кадников. К нему приезжали члены его семьи и некоторые духовные дети, привозили письма от других чад. Там он написал общие письма членам общины, в которых он призывал пасомых к неослабевающему вниманию к себе и своему духовному росту, движению по пути покаяния, очищения души в непрестанной борьбе с собой, а также о служении другим в духе любви Христовой, к купножитию духовному.
После ареста о. Сергия маросейский храм остался на попечении о. Бориса Холчева (впоследствии архимандрита Бориса) и старосты храма Сергея Никитина (впоследствии епископа Стефана). В это время в храм приходят служить протоиерей Сергий Смирнов, иерей Владимир Щербаков и иеромонах Александр (Ильин).
Протоиерей Сергий Смирнов родился в семье сельского священника. По окончании Московской Духовной Семинарии он поступил в Московскую Духовную Академию, которую закончил в 1898 году. Отца Сергия именовали Лубянским по местонахождению на московской улице Малая Лубянка церкви в честь святого Иоанна Предтечи, настоятелем которой он был. Он был уже немолодым, со значительной потерей зрения, когда пришел служить в храм святителя Николая в Кленниках и принял настоятельство.
