Первое время после кончины святого праведного Алексия непросто давалось о. Сергию продолжение и творческое развитие дела отца. Начало его пути как духовника общины было многотрудным. Практическое разрешение для конкретного человека вопросов о спасении в миру, премудро находившееся имевшим многолетний пастырский опыт отцом, для о. Сергия, в ту пору совсем молодого священника, было сопряжено со многими трудностями. Привыкшие к духовному окормлению святого праведного Алексия, его чада поначалу не могли перестроиться на совместный с о. Сергием труд над душой.
Сам о. Сергий также не считал себя достойным занять место отца, но некоторое время спустя его арестовали, и, находясь в тюрьме, он почувствовал присутствие отца. Это явление он воспринял как благословение батюшки — принять на себя руководство общиной. Вскоре его отпустили.
Радость возвращения о. Сергия переживал весь храм. Но испытания только начинались, несмотря на то, что богослужение в Никольском храме было по-прежнему великолепно, а проповеди о. Сергия — весьма содержательны. В своих проповедях он старался делиться тем, что было ему дорого, что казалось особенно важным и трогало его при чтении святых отцов.
Отец Сергий без остатка отдавал себя своей пастве. В отношениях с духовными чадами отца Алексия он старался не менять батюшкиных указаний относительно молитвенных правил, частоты посещений храма, исповеди и причастия. Но из-за настоятельских забот и духовного окормления батюшкиной паствы он не мог уже уделять собственным духовным чадам достаточно внимания. Отец Сергий ждал от них поддержки и понимания, но не получил их.
В Никольском храме то и дело возникал ропот. Некоторые члены общины так и не приняли о. Сергия, перейдя в другие храмы. Бремя батюшкиного наследства показалось о. Сергию невыносимым. Впоследствии он так рассказывал об этих мыслях одной из сестер: «И вас не спасу, и сам с вами погибну». [6, с. 70] Он был готов оставить общину, но не мог пойти против отцовского благословения, поручившего ему храм на Маросейке. Не зная, что делать, о. Сергий отправился за советом к оптинскому старцу Нектарию, обитавшему тогда в селе Холмищи. Но добраться до старца ему так и не удалось — просидев сутки на железнодорожной станции, о. Сергий понял, что не может оставить общину — дело всей жизни отца.
Он вернулся в Москву ко дню храмового праздника — осенней Казанской иконы Божией Матери. По окончании всенощного бдения о. Сергий собрал всю общину и обратился к присутствующим. Вот что вспоминала впоследствии одна из сестер: «В напряженной тишине отец Сергий начал свою «исповедь» (иначе и не назовешь). Говорил о том, что, приняв от отца живое наследство, он считал его своим жизненным делом, но с каждым годом стал ощущать, как жизнь засоряется душевным мусором и силы уходят, казалось, совсем не на то. У него не остается времени даже на встречи с людьми, которые его ждут, хотят с ним встретиться, а он улаживает капризы, мирит поссорившихся из-за пустяка — и в результате все недовольны, все жалуются, что он недостаточно уделяет внимания пастве. Стараешься помочь, где нужно, даже материально, а в ответ слышишь: «Да! Вот только деньги, другого не хотите дать!» А так ли легко достаются эти деньги?
