Уже двигаясь к Москве со своим ополчением, Дмитрий Михайлович Пожарский и Козьма Минин остановились в Ростове, чтобы посетить Борисоглебскую обитель и самолично заручиться благословением старца Иринарха. Приняв их, тот дал им благословение и святой крест на помощь, тот самый, что посылал он князю Михаилу Скопину-Шуйскому. Ведомые предводителями, сподобившимися благословления праведного старца и осенения святым крестом его, русские рати пошли на Москве и очистили ее от иносемной вражьей силы.
Однако в то время, как освобожденная Москва полнилась радостью великой, в Борисоглебской обители была печаль: война разорила монастырь, а с него были требованы большие подати «на ратных людей». Игумен с братией и с монастырскими крестьянами пришли к Иринарху просить его, чтобы он послал в Москву старца Александра с челобитной. Внявши просьбе и отпуская ученика своего, старец велел ему взять у князя Пожарского честной крест, данный тому на помощь. Благодарный князь вернул крест, а монастырь, как сказано в Житии преподобного, получил от него грамоту, чтобы не давать на ратных людей никаких запасов по причине литовского разорения.
В 1613 году представители различных земель и сословий Русского государства — князья, бояре, воеводы, преосвященные митрополиты, архимандриты и игумены и прочие люди — избрали на царство юного князя Михаила Федоровича Романова, так как Василий Шуйский скончался у поляков в пленении. И пришло вскоре на Русь мирное время.
Преподобный Иринарх продолжал заниматься своими трудами — молитвой и пощением, защитой обиженных, исцелением недужных и бесноватых, утешением страждущих. Когда же приблизился срок кончины его, провидевшим это старцем были призваны и наставляемы ученики его. Александру и Корнилию, любимым помощникам, впавшим в печаль из-за того, что оставляет их мудрый учитель, слезно просивших его молить о них Бога, старец, согласно Житию его, утешительно сказал: «Я отхожу от вас телом, а духом с вами буду неразлучно. Если кто начнет притеснять Сию обитель мою, свыше данную от Бога и искупленную и выпрошенную у игумена и братии, то пусть их судит Бог и Матерь Божия». Потом он простился с братией и дал ей прощение, стал на последнюю молитву, долго молился и тихо скончался.
В «Житиях святых» святителя Дмитрия Ростовского рассказ о преподобном Иринархе завершается так:
«Кончина преподобного Иринарха последовала в 1616 году января 13 дня на память святых мучеников Ермила и Стратоника с пятницы на субботу в девятом часу ночи. По благословению и повелению преосвященного митрополита Ростовского и Ярославского Кирилла погребение схимонаха Иринарха совершал Борисоглебский игумен Петр и отец его духовный иеромонах Тихон, диакон Тит и ученики его старцы Александр и Корнилий. По завещанию преподобного Иринарха, гроб его положен в уготованной им самим пещере.
