Эти события привели к возникновению общеевропейского военно-религиозного конфликта — Тридцатилетней войны. После битвы на Белой Горе Прага была разграблена императорской армией и войсками католической лиги. За этим последовали казни руководителей восстания и конфискация имущества тех, которые стоял во главе оппозиции против Габсбургов.
В 1624 г. католичество было провозглашено в стране единственной религией. Началась антиреформация, которая жестоко вмешалась и в преимущественно некатолическую Прагу. В последующий недолгий период проходило массовое обращение в католическую веру. Те, кто отказались, должны были распродать своё имущество и уехать за рубеж. По предположениям, Прагу в это время покинули 620 ведущих семейств города и многочисленная некатолическая знать. Последнюю часто сменяли лояльные католические пришельцы, которых привлекала в Чехию возможность лёгкого приобретения имущества.
Страна переживала один из своих самых тяжёлых периодов. В результате Тридцатилетней войны и вынужденной эмиграции быстро уменьшалось население, углублялся хозяйственный кризис, росли налоги по финансированию защиты монархии от турок. В результате оккупации иностранными войсками в течение нескольких лет Прага лишилась большей части своего богатства, которое создавалось во время долгих лет процветания. Кроме того, пражане должны были давать средства на создание новых укреплений, строительство которых начали после окончания Тридцатилетней войны. Это время было необыкновенно благоприятным для католической церкви и разбогатевшей амбициозной знати. У них было достаточно средств на развитие своего обширного строительства.
Благодаря их заказам к нам в начале рекатолизации начал проникать новый стиль искусства — барокко, ранняя стадия которого вдохновлялась преимущественно заальпийскими влияниями. Барокко принесли в Прагу, в основном, иностранцы-строители, ремесленники и деятели искусств из Италии, Баварии и Австрии. Конец 17 в. принёс хозяйственный и демографический рост. В 1705 г. население Праги составляло 40 000 жителей, что включило её в число городов средней величины. Несмотря на падение политического престижа, Прага стала одним из важнейших центров искусства и архитектуры барокко в Европе.
В конце 17 и начале 18 вв. раннее барокко, типичное своей монументальностью, постепенно переходило в высшую динамическую форму, которая характеризовала чешское искусство и архитектуру первой половины 18 в. Во второй раз, после времен правления Карла IV, Прага стала символом европейского искусства. Этот необыкновенно плодотворный с точки зрения искусства период обогатил город рядом новых костёлов, дворцов, монастырей, садов, фонтанов, марианских или чумных столбов, множеством скульптур и живописи, фасадами городских домов в стиле барокко. Высшее барокко придало виду города цельность и заметно повлияло на его панораму. В начале сороковых годов 18 в. Прага была вовлечена в войны за австрийское наследство, что ухудшило безопасность города.
