В это беспокойное время возрастала политическая мощь чешских городов, прежде всего Праги, как центра реформации. В начале гуситской революции умер король Вацлав IV. На трон заступил его сводный брат Зигмунд, который был вынужден из-за своего радикального антиреформационного взгляда Прагу покинуть, чтобы триумфально вернуться в нее в 1436 г. в качестве римского императора. Это случилось в самом конце гуситских войн, которые закончились политико-религиозным компромиссом. Год спустя император умирает, не дождавшись мужского потомка.
На Зигмунде закончилась история люксембургской династии на политической сцене Священной римской империи и землях Чешской короны, и открылось пространство для политических амбиций Габсбургов.
Их приходу на чешский трон в 1526 г. предшествовал недолгий период правления польской династии Ягеллонов. Последние в конце 15 в. подписали мирный договор, в котором подтвердили свободу вероисповедания в Чехии, что являлось беспримерным для тогдашней Европы. Владислав Ягеллонский использовал частичное хозяйственное оживление страны для строительства некоторых объектов как в Пражском Граде, так и в самом городе. Во время его правления в чешских землях закончился период готики и начался период ренессанса. Прекрасным примером переплетения этих двух архитектурных стилей является Владиславский зал в Пражском Граде.
После трагической гибели Людвига, сына Владислава Ягеллонского, чешским королём был избран великий князь австрийский Фердинанд I Габсбургский. Это произошло в 1526 г. после его бракосочетания с чешской и венгерской принцессой Анной Ягеллонской. В результате этого выбора чешские земли вошли в состав нового чешско-австрийско-венгерского государственного образования, составной частью которого они оставались до конца 1918 г.
Фердинанд I стремился усилить роль правителя, которая в будущем должна была привести к введению абсолютизма. Поводом для этого было ослабление королевской власти в пользу государства во время гуситских войн и в послевоенный период. Прага начала терять многие привилегии, что вело к обострению отношений её представителей с правителем. Кроме того, хозяйственная ситуация города не была наилучшей. И далее здесь преобладали консервативные экономические отношения, цеха тормозили деятельность новых предпринимателей, население не увеличивалось со времени гуситских войн. Такая стагнация, вместе с проблематичными отношениями правителя с чешскими сословиями, была одной из причин, по которой Габсбург не повысил статус Праги и не сделал её своей резиденцией.
