30 октября 1632 года был раскрыт новый заговор аристократии в Лангедоке, а его руководитель герцог де Монморанси, первый дворянин королевства, следующий за принцами крови, был отправлен на эшафот. Казнь Монморанси должна была символизировать торжество утверждавшего свою власть абсолютизма над сепаратизмом аристократии.
Центральным событием в борьбе с сепаратизмом стала ликвидация гугенотской «республики» в Ла-Рошели. Перед началом военной операции Ришелье писал королю: «До тех пор пока гугеноты разделяют власть во Франции, король никогда не будет хозяином положения в своей стране и не сможет предпринять каких-либо успешных действий за ее пределами». Представлявшаяся неприступной цитадель гугенотов была взята в результате тринадцатимесячной осады. Из проживавших прежде в Ла-Рошели 28 тыс. жителей к концу осады осталось в живых всего пять тысяч. Людовик XIII проявил милость к побежденным гугенотам. Объявив, что закончившаяся война имела «государственный», а не религиозный характер, король подтвердил свободу протестантского вероисповедания и амнистировал всех «заблудших и презревших свой долг» подданных. Ни один из участников мятежа не был казнен, лишь его руководители были высланы за пределы Ла-Рошели.
Сразу же после взятия сильно пострадавшего от обстрелов города началась его реконструкция. Ла-Рошель, по замыслу короля и его первого министра, должна был превратиться в один из главных центров торгово-колониальной экспансии Франции. Вскоре после восстановления контроля над Ла-Рошелью был погашен и второй очаг сопротивления гугенотов — в Лангедоке.
Одним из направлений внутренней политики Людовика XIII стала борьба с сословным и провинциальным партикуляризмом, а также централизация системы государственного управления. В январе 1629 года был разработан и принят так называемый «кодекс Мишо» (по имени тогдашнего канцлера Мишеля де Марильяка). По существу, это было первое систематизированное французское законодательство. Красной нитью в «кодексе Мишо» проходила мысль о королевской власти как единственной и бесспорной во Франции. В нем подтверждался суверенитет государства в области финансов, обеспечения внутренней и внешней безопасности.
Было развернуто также наступление на права Парижского и провинциальных парламентов, которые стремились ограничить абсолютистские притязания королевской власти. Парламенты как судебно-административные институты последовательно и методично лишались своих политических полномочий, а провинции — региональных свобод. Там, где оказывалось открытое неповиновение, правительство прибегало к карательным мерам, как это имело место в Нормандии в 1639–1640 годах, когда был распущен Руанский парламент.
