Фома основательно занялся традиционной проблемой теодицеи — оправдания Всевышнего. Если Бог — творец всего и он добр, то откуда берется зло? В своё время на эту тему размышлял еще Эпикур, который рассуждал так: существует четыре варианта поведения Бога. Или он хочет избавить мир от зла, но не может; или может, но не хочет; или не может и не хочет. Наконец, может и хочет. Но поскольку зло всё-таки существует, то последний вариант отпадает. Что касается первых трех, то они противоречат представлениям о Боге как о всемогущем и добром.
Значит, выходит, что Бог или не очень всемогущ, или не слишком добр? У Фомы имеется такой аргумент в пользу Творца. Во-первых, зло, в отличие от добра, существует не само по себе, а означает лишь отсутствие, нехватку добра. Доказательства? Пожалуйста: если бытие — это добро, рассуждает философ, то его уничтожение автоматически ведет за собой уничтожение зла. Во-вторых, любое зло имеет свои причины. Но само зло, будучи небытием, не может быть причиной. Значит, причина — добро. Если же высшее добро — Бог, то и всё зло от него? Нет, это неверно, потому что не согласуется с природой Творца (вот она, наука по Фоме!). Всё зло происходит от несовершенства человека. И Бог тут ни при чем, потому что Он — абсолютное совершенство. Причина зла — сам человек, его злая воля.
Но как тогда объяснить зло, существующее в природе, которая не имеет собственной воли и создана по божественному замыслу? Почему существуют штормы и кораблекрушения, молнии и пожары, засуха и голод? Почему пчёлы дают мед, но и жалят; осёл работает, но упрям? Для чего нужны в мире крысы, тараканы и прочая нечисть? Оказывается, так всё и задумано: чтобы в мире была гармония, нужны различные степени добра, вещи различного совершенства. Красота заметнее на фоне уродства, а добро — в сравнении со злом. Поэтому несовершенные предметы служат для осуществления всеобщей гармонии. По той же причине существует и неравенство людей в обществе. Для гармонии нужны богатые и бедные, грешники и праведники.
Нет для Фомы трудных вопросов. Он знает, что человек всего лишь совершенное животное. С животным миром его роднит то, что он живёт и чувствует, а отличают разумная душа и свободная воля. Ведь чтобы могли существовать грех и добродетель, наказание и награда, должна быть свобода выбора между добром и злом, иначе нельзя говорить ни о какой морали. Такой выбор зависит от самого человека, но… с учетом божьей помощи: «Бог есть первая причина, приводящая в движение как естественные причины, так и причины доброй воли», — учит Фома. Выходит, на деле свободной воли нет, так как она существует лишь тогда, когда её поддерживает Бог. И если даже человек совершает плохой поступок, то он совершает его с божьей помощью. Кто же тогда в первую очередь заслуживает осуждения?..
