Родился М.Н. Покровский 17 (29 по н. ст.) августа 1868 года в Москве. Здесь прошли его детство и юность, формировались жизненные идеалы. Большое влияние на будущего ученого оказал отец — статский советник Николай Михайлович Покровский, долгое время служивший помощником управляющего Московской складочной таможни, как называлась тогда таможня Николаевского (ныне Ленинградского) вокзала. Отношение отца к властям, вспоминал Покровский, «было весьма реалистическое, чтобы не сказать более. С детства я наслушался всевозможнейших рассказов о злоупотреблениях администрации, о малопоучительной жизни высших сановников и царской фамилии и т. п. Благодаря этому ни одного мгновения в моей жизни я не был монархистом».
Учился М.Н. Покровский во 2-й Московской гимназии, где зарекомендовал себя одаренным и трудолюбивым учеником. По всем 12 предметам, входившим в аттестат зрелости, ему были поставлены отличные оценки. «Во внимание к постоянному отличному поведению и прилежанию и к отличным успехам в науках, в особенности же в древних языках», говорится в полученном им аттестате, педагогический совет постановил наградить его золотой медалью.
Столь же успешными были годы учебы Покровского на историко-филологическом факультете Московского университета (1887–1891), по окончании которого он получил диплом первой степени и был оставлен «для приготовления к профессорскому званию» сразу при двух кафедрах — русской и всеобщей истории. Заведующие этих кафедр, известные историки В.О. Ключевский и П. Г. Виноградов, пользовались огромным уважением и авторитетом у студентов. С особым преклонением они относились к Ключевскому. Однако, по воспоминаниям самого Михаила Николаевича, решающую роль в его формировании как историка сыграл Виноградов.
Ко времени пребывания в Московском университете относится начало литературной деятельности Покровского: один из ведущих журналов — «Русская мысль» — публикует его рецензии на новые книги по отечественной и зарубежной истории. Тогда же под влиянием Виноградова он приступил к переводу с немецкого и французского двух монографий по истории Англии. Впоследствии обе книги были изданы. Политические и исторические воззрения молодого Покровского не отличались последовательностью. С первых шагов научно-педагогической работы он ясно ощутил шаткость своих методологических позиций. Тем не менее на рубеже столетий Михаил Николаевич становится известен Московскому охранному отделению как убежденный демократ, имеющий «сношения с лицами политически неблагонадежными». Тогда же происходит превращение его из историка-позитивиста в ученого буржуазно-демократического направления — «экономического материалиста».
