В начале 1906 года делегаты отчитывались о работе съезда перед московской организацией ПСР. На собрание ворвались городовые, схватили нескольких эсеров. В их числе был арестован и Руднев, которого препроводили в уже знакомую ему Таганскую тюрьму.
Когда удалось освободиться из застенков, он с прежним пылом продолжил революционную работу. Известны его выступления против крестьянского террора в деревне — разгрома и поджогов помещичьих имений и усадеб. В середине 1907 года его избрали делегатом второго съезда эсеровской партии, на котором В.В. Руднев был кооптирован в состав Центрального комитета ПСР. Но вскоре активный и смелый революционер опять был арестован и сослан в Якутскую губернию.
В 1911 году В. В. Руднев вернулся из ссылки с намерением завершить медицинское образование и стать земским врачом. Но двери отечественных университетов для политически неблагонадежного были наглухо закрыты. Он выбрал медицинский факультет в Базеле (Швейцария), где продолжил начатое когда-то в Московском университете образование. Занимался он с наслаждением, о чем писал в 1934 году: «…удовлетворение даже от самого процесса напряженной умственной работы. С удовольствием до сих пор вспоминается трудовой ритм базельской жизни, ранние лекции, занятия в тихой университетской библиотеке, работа в лаборатории». Он полностью отошел от политики, погрузившись в университетскую идиллию, научные изыскания. Начало Первой мировой войны было для Руднева «совершенно неожиданным». Паника в Базеле, марширующие по улицам воинские части, беженцы из Эльзаса, минирование мостов и другие признаки войны… «Что же будет с Россией, и что в данных обстоятельствах следует делать мне, — вспоминал Руднев. — Было до жуткого холода в душе очевидно, что России грозит страшная, быть может, смертельная опасность, что на этот раз риск не ограничивается лишь возможностью потерять окраину, как в 1904 году, а на карту поставлено самое бытие России как великой державы». Как истинный патриот своего отечества, он решил: «Мое место в час испытаний для моего народа — там, в России, вместе с ним на предстоящем ему крестном пути».
Не будучи политическим эмигрантом, В.В. Руднев имел право на участие в военных действиях в России. Но как ратнику ополчения, не подлежащему мобилизации, ему долго пришлось добиваться разрешения на выезд. Из Петрограда ответили отказом. Но он надеялся на положительное решение вопроса и в ожидании его усиленно занимался, чтобы успеть окончить курс обучения до отъезда.
