Разлив мазута привел к значительным сокращениям запасов промысловой мидии и фурцеллярии. По данным БАЛТНИРХа, в районе от порта Клайпеда до порта Лиепая общий запас фурцеллярии сократился на 50 процентов, что составило 13 тысяч тонн, а мидии — на 30 процентов, или 144 тысячи тонн по сравнению с 1981 годом. Водоросль фурцеллярия является ценным сырьем при производстве агара; сокращение ее основного запаса привело к резкому уменьшению ее штормовых выбросов и, как следствие, остановку производства агара в Латвии. Кроме того, фурцеллярия является практически основным поставщиком кислорода в исследованном районе и переносчиком нерестового субстрата салаки.
Изменились и преднерестовые миграции сельди, так как три основных нерестовых района юго-восточной Балтики перестали функционировать. По оценке биологов, естественное восстановление погибших массивов можно ожидать не ранее чем через пять лет. Однако существует мнение, что в условиях интенсивного антропогенного воздействия восстановительный период может быть еще бóльшим.
Аварийный разлив мазута отрицательно сказался на экосистеме Клайпедского залива, являющегося высокопродуктивным внутренним водоемом. В результате аварии танкера в северной части Клайпедского залива было загрязнено мазутом 1647 гектаров нерестилищ корюшки, щуки, леща, снетка, плотвы и других рыб; 1034 гектара нагульных площадей для этих рыб и 452 гектара миграционных путей проходных рыб — сига, сверти, корюшки, угря. В результате этого в 1982 году общий вылов рыбы в Куршском заливе снизился против 1981 года на 596 тонн, в том числе корюшки — на 135 тонн, сверти — на 18, сига — на 4.
Потеря нагульных площадей, гибель кормовых организмов и нарушение естественного воспроизводства рыб может привести к снижению рыбных запасов в Куршском заливе примерно на 25 тысяч тонн, что скажется на вылове рыбы в течение 4–10 лет.
Разлив мазута практически не оказал негативного влияния на макрофитобентос Куршского залива и исследуемой акватории Балтийского моря за исключением, пожалуй, фурцеллярии. Наоборот, в ряде июльских проб отмечается значительный рост как количества, так и биомассы донной фауны. Известно, что нефть и ее продукты могут угнетать первоначальный рост отдельных популяций. Возможно, этот эффект наблюдался по отношению к макрозообентосу и фитопланктону. К тому же значительная часть мазута была выброшена на берег, и поэтому микрозообентос не испытал сильного воздействия загрязнения после аварии. Но в самом составе бентоса несколько снизилось количество олигохет, являющихся индикатором чистых вод.
