За время преподавания в Московской академии он из своих академических лекций составил полную систему Догматического Богословия. С этого времени между ним и ректором Петербургской Духовной академии Филаретом (Дроздовым, будущим Московским первосвятителем) «утвердилась та внутренняя искренняя духовная связь, которая во всю жизнь их продолжалась неизменно».
В период пребывания Преосвященного Филарета (Амфитеатрова) на Калужской кафедре, Оптина Пустынь нашла в нем «на веки незабвенного благодетеля». Задумав создать там Скит, он поручил настоятелю игумену Даниилу выбрать на пасеке удобное для него место (на котором постоянный благодетель Пустыни купец Брюзгин построил келлии) и пригласил туда монахов, известных своей подвижнической жизнию.
На Ярославской кафедре Преосвященный Филарет пробыл всего семь месяцев: с 17 сентября 1836 г. по 18 апреля 1837 г. Все это время он должен был находиться в Петербурге, как член Синода. Епархией он управлял заочно, тем не менее занимался ее делами достаточно усердно, как это видно на примере Югской Дорофеевой пустыни. Именно в это время началась его активная переписка с архимандритом Игнатием Брянчаниновым по поводу перехода в Югскую пустынь иеромонаха Варфоломея, рекомендованного последним для занятия там настоятельской должности25. В последующие годы переписка между Митрополитом Киевским Филаретом и архимандритом Игнатием носила чисто дружеский характер: к опубликованным ранее 13 письмам Митрополита Филарета в настоящем издании добавлено еще одно из «Полного жизнеописания святителя Игнатия».
Святитель Игнатий писал: «Преосвященный Филарет, Митрополит Киевский, пастырь, имеющий помазание благодатное, сказал мне следующие благодатные слова: «Те наставники похвальны, которые приводят не к себе, а к Богу». Еще он писал: «Сей Архипастырь есть лучший из всех Российских Архиереев». Помимо других положительных качеств, Преосвященный Филарет отличался необыкновенной, «истинной», добротой и неподдельным «смиренством». Н. С. Лесков в указанной выше повести приводит ряд примеров этой его доброты. Святитель Игнатий тоже писал о нем: «Добрый старец». В жизнеописании святителя Игнатия имеется рассказ об одном случае, характеризующем Филарета Киевского: «Однажды архимандрит приехал навестить Митрополита. Последний, встретив его и пригласив сесть, с нерешительностью говорит ему: «Не знаю, сознаться ли?» — «В чем?» — спросил, улыбаясь, архимандрит. «Да вот, опасаясь возношения по причине почестей от человеков, ради смирения себя, сшил себе мухояровый
