Но скорби не оставляли преследовать епископа Игнатия и в этом его положении, а кончина митрополита Григория лишила его ближайшего человека, принимавшего в нем дружеское участие. К тому же его постигла очень тяжкая болезнь: натуральная оспа, соединенная с сильной горячкой. Продолжительно тянулось его выздоровление, силы его стали заметно слабеть, он решился проситься прямо на покой в знакомый уже Николо-Бабаевский монастырь; в конце июля 1861 года подал о том рапорт в Синод и обратился с письмом к Государю Императору.
Вот содержание этого письма:
«Августейший Монарх,
Всемилостивейший Государь!
Чувствуя изнеможение сил от болезненности, продолжающейся около 40 лет, и постоянно питая в душе моей желание окончить дни в уединении, я подал в Святейший Синод рапорт, в котором, донося о состоянии своего здоровья, прошу об увольнении меня от управления епархиею и предоставлении мне в управление общежительного Николо-Бабаевского монастыря, на Волге, в Костромской епархии, по тому образцу, как это делалось для многих архиереев, уволенных от дел епархиальных. То милостивое внимание, которого удостаивали меня Ваши Августейшие Родители, называя меня своим воспитанником, дозволяет мне обратиться к Вашему Императорскому Величеству с всеподданнейшею и убедительнейшею просьбою. Не во внимание к какой-либо заслуге или достоинству, — коих нет у меня — в память Ваших почивших Родителей окажите мне милость, повелите удовлетворить моему прошению, даруйте мне просимый приют, в котором я мог бы окончить в мире дни мои, вознося недостойные и убогие молитвы к Богу о благоденствии Вашем и всего Вашего Августейшего Дома, о покое и вечном блаженстве Ваших приснопамятных Родителей.
С чувствами верноподданническими благоговейнейшего уважения и совершеннейшей преданности имею счастье быть», и проч. 24 июля 1861 года».
Августа 5-го состоялось увольнение с назначением пенсии по 1000 руб. в год; впоследствии она по Высочайшему повелению увеличена прибавкой 500 рублей.
19 сентября 1861 года Государь посетил Кавказ, но в Ставрополе не был, а осматривая вновь покоренные земли за Кубанью, спрашивал у графа Евдокимова (главная квартира которого была в Ставрополе) о Преосвященном и через него прислал ему орденские знаки Святой Анны 1-й степени, которые уже не застали Владыку в Ставрополе, а отправлены к нему по почте на новое место жительства.
При отъезде из Ставрополя, так же, как и прежде из Петербурга, у Преосвященного не имелось собственных денежных средств; он должен был опять прибегнуть к посторонней помощи, чтобы рассчитаться с некоторыми долгами и покрыть путевые издержки. На пути следования через Москву он остановился у старого знакомца своего Преосвященного Леонида, епископа Дмитровского, викария Московского, и прогостил у него за болезнью до двух недель. У него сделался нервный удар в правой ноге, и хотя принятыми медицинскими мерами и получил некоторое облегчение, но с того времени стал постоянно страдать слабостью этой ноги.
