Летом 1847 года архимандрит Игнатий прибыл в Николо-Бабаевский монастырь, где и занялся серьезным лечением. Ему отведены были келлии, состоявшие из четырех маленьких комнат, в отдельном мезонине над келлиями настоятеля. Помещение это, разобщенное с прочим жильем, весьма удобно было для безмолвия. С одной стороны из окон келлии открывался величественный вид обширной местности, орошаемой рекой Волгой, и представлял усладительное зрелище для отшельника в минуты отдохновения. Здесь архимандрит Игнатий написал много духовных назидательных писем к разным лицам, в числе их ряд писем к некоему иноку Леониду, озаглавленных так: «К иноку, занимающемуся умным деланием». Здесь написана была статья «Бородинский монастырь», которая не вошла в собрание сочинений; поводом написания этой статьи служило посещение архимандритом Бородинского монастыря, на пути следования в монастырь Бабаевский, по приглашению тогдашней настоятельницы, игумении Марии Тучковой. Через 11 месяцев, в 1848 году, архимандрит Игнатий возвратился в Сергиеву пустынь. Продолжительное безмолвие в пребывании уединенном, на Бабайках, расположило его еще более к совершенному отшельничеству, к которому он постоянно стремился.
Понеся великую утрату в кончине возлюбленного Монарха своего Государя Императора Николая Павловича и не оставляя намерения переселиться на покой, архимандрит Игнатий в 1856 году предпринял путешествие в скит Оптиной пустыни исключительно с целью устроить там желанное пребывание в безмолвии. Он уже совсем было условился с Оптинским настоятелем о приготовлении для себя келлии в скиту и о переделке ее, дал 200 рублей задатку и возвратился в С.-Петербург, где, по обстоятельствам, не от него зависящим, должен был на неопределенное время отложить исполнение своей мысли о переселении на покой и предать дальнейшую участь свою воле Божией.
В 1856 году скончался С.-Петербургский митрополит Никанор; назначенный на его место митрополит Григорий хорошо знал архимандрита Игнатия и даже состоял с ним в духовно близких отношениях, а потому в видах пользы для Церкви Божией предложил ему епископскую кафедру в Ставрополе Кавказском. По получении Высочайшего соизволения 23 октября 1857 года происходило в Святейшем Синоде наречение архимандрита Игнатия во епископа Кавказского и Черноморского, а 27-го — самая хиротония в Казанском соборе при весьма многочисленном стечении народа. На другой день новопоставленный епископ совершил Литургию в Лаврской Крестовой церкви и затем три дня следующего месяца провел в Сергиевой пустыне. 2 ноября посетила пустынь Великая Княгиня Мария Николаевна — «чтобы проститься с епископом Игнатием», как она изволила выразиться. 3 ноября, в воскресный день, епископ Игнатий отслужил в пустыне Божественную литургию, участвовал в общей братской трапезе и, простившись со всеми, окончательно оставил Сергиеву пустынь. Он переехал в Невскую Лавру.
