В начале XII в. при папе Иннокентии III Римско-католическая церковь официально утвердила инквизицию, составившую одну из самых мрачных страниц ее истории. Первоначально она служила средством борьбы с еретиками-альбигойцами. В 1232 г. папа Григорий IX оформил инквизицию в постоянное учреждение, имеющее целью розыск, суд и наказание еретиков. На должности инквизиторов назначались преимущественно монахи ордена доминиканцев, «умеющих хорошо убеждать отпавших от Церкви».
Первоначально инквизиция имела характер странствующего судебного учреждения, но постепенно инквизиторские трибуналы становились оседлыми, а во владении инквизиции появились многочисленные земельные владения. Сфера деятельности инквизиторов, организация их судов и формы судопроизводства определялись указаниями из Рима. На местное светское законодательство инквизиция не обращала внимания, что было узаконено буллой Иннокентия IV от 1252 г.
Прибывший на место назначения инквизитор обращался к населению с воззванием каяться и называть имена еретиков; сделавшие это в течение «льготных дней» подлежали лишь церковному наказанию, прочие подвергались тяжким карам. Судопроизводство было тайным; обвиняемый не знал имен свидетелей, их показания давались ему в сокращенном виде, чтобы он не мог угадать, кто явился против него свидетелем. Обвиняемый был обязан говорить всю правду и указать участников преступления. Для получения признания трибунал мог прибегнуть к пытке. Жестокость применявшихся инквизицией истязаний и пыток не имела границ: оковы, голод, растягивание тела на особом станке, вздергивание на дыбе, пытка водой и огнем, «испанский башмак».
Оправдательный приговор был крайне редким явлением, при отсутствии состава преступления обычно назначалось церковное покаяние. Наиболее частым наказанием было примирение с Церковью, сопровождавшееся конфискацией имущества, лишением определенных прав как виновного, так и его ближайшего потомства и заключением в тюрьму. Упорствующие еретики присуждались к смертной казни на костре, причем кающиеся в последний момент подвергались задушению, а потом сожжению.
Торжественный публичный акт осуждения (аутодафе) начинался общей проповедью, на следующий день смертный приговор приводился в исполнение. Жаловаться на решения инквизиции фактически было нельзя, даже папский легат не имел права вмешиваться в ее дела. Личность инквизитора была неприкосновенна.
В период разгула жестокостей средневековой инквизиции не мог не возникнуть вопрос, какова нравственная оценка участия инквизиторов-священников в истязаниях и пытках подозреваемых в ереси, не становятся ли они на некоторое время неспособными к священнослужению. Однако папа Урбан IV (1261 – 1264) особой буллой успокоил тех, чью совесть смущало такое сочетание функций священника и палача.
