При папе Стефане V (885–891) в 886 г. Фотий был во второй и последний раз устранен от управления Константинопольской Церковью, на этот раз императором Львом VI Мудрым, который поставил на место Фотия своего несовершеннолетнего брата (тоже Стефана). Папа Стефан, не благоволивший к Фотию, все же не спешил с признанием нового патриарха и выяснял обстоятельства устранения Фотия. Переписка по этому вопросу с интервалами тянулась до самой смерти папы.
Папа Стефан V был противником совершения богослужений на славянском языке.
Следующим папой Римским был Формоз (891–896). Его враждебное отношение к Фотию, к счастью, не могло реально отразиться на взаимоотношении двух Церквей, так как Фотий уже был не у власти. Возведение Формоза на папский престол явилось точно таким же нарушением церковного благочиния, как бывшее незадолго до этого поставление папы Марина. В лице Формоза второй раз в истории Церкви на папский престол восходил епископ. Формоз до этого был епископом римского пригорода Порто, следовательно, епископом субурбикарным. Правда, папа Иоанн VIII в 876 г. лишил его за происки епископского сана и даже отлучил, но при папе Марине Формоз был восстановлен в епископском достоинстве, и теперь противоканоническое возведение его на папский престол было воспринято крайне болезненно прежде всего самой Римской церковью. В лоне этой Церкви возникли две партии: сторонников Формоза и его противников. Борьба между ними продолжалась и после смерти Формоза, принимая иногда крайне соблазнительные формы.
Обращает на себя внимание быстрая смена пап в это время: Бонифатий VI (896), Стефан VI (896 –897). Он был ранее рукоположен Формозом во епископа г. Ангани. Таким образом, это третий в истории папа из епископов. Надо заметить в пояснение, что при его поставлении рукоположение, совершённое Формозом, игнорировалось как недействительное. Стефан VI учинил суд (897) над Формозом. Тело умершего папы после девятимесячного пребывания в гробу было доставлено на Собор, и здесь с покойника были сняты знаки папского достоинства («Собор с трупом»). Формозовцы вскоре после этого задушили папу Стефана.
В начале X в. церковный порядок был вновь нарушен вмешательством папы Сергия III (904– 911) в жизнь Константинопольской Церкви.
Многое в действиях этого папы следует приписать общей нездоровой атмосфере, царившей тогда в Риме.
При папе Бенедикте IV (900–903), одном из ближайших предшественников Сергия, Папская область стала управляться римским сенатором Феофилактом, который был объявлен консулом, герцогом и главнокомандующим (magister militum). Интерес, который проявляла семья сенатора к делу возведения на папский престол того или иного кандидата, часто имел весьма соблазнительный характер. Престол этот стал вскоре настоящей игрушкой в руках жены Феофилакта Феодоры Старшей, считавшейся вестарарисой – хранительницей папских сокровищ, и двух ее дочерей, Марозии и Феодоры Младшей. Сергий был как раз одним из тех, кто пользовался особой поддержкой этой семьи. Выше упоминалось, что он был избран папой еще в 897 г., но тогда ему не удалось утвердиться в Латеранском дворце. Иоанн IX, рукоположенный в апреле 898 г., заставил Сергия уйти. Осенью 903 г. один из преемников Иоанна IX, папа Лев V, был низложен римским пресвитером Христофором, который заключил Льва в тюрьму, а сам занял его место.
