Малыгину удалось вовлечь в заговор английского эсквайра Джонатана Холмса, который согласился спонсировать «маленькую победоносную войну». Уже через несколько месяцев трюмы их корабля были наполнены внушительным арсеналом, который в умелых руках мог бы указать колонизаторам кратчайший путь на родину. Но в стане заговорщиков оказался предатель: когда судно Малыгина выходило из сингапурского порта, на борту появились голландские военные. Долгие и тягостные переговоры с ними закончились полупобедой Малыгина. С одной стороны, бо́льшая часть «полезных приобретений», сделанных им накануне, была конфискована. С другой — он сам и его единомышленники остались на свободе, представившись голландскому патрулю искателями жемчуга, и сохранили при этом несколько десятков ружей под предлогом необходимости защиты от пиратов. Однако из-за этой проволочки Василий потерял главное — время. Вернувшись в Ломбок, он увидел пепелище. Как выяснилось, Малыгин опоздал всего на неделю.
Голландцы наконец поняли, что дело приобретает серьезный оборот. На Ломбоке высадился десант, легко взявший столицу острова Матарам. Не в силах пережить поражение, принц Маде совершил ритуальное самоубийство. Раджа Агунг встретил Малыгина в подавленном состоянии и молил об одном — отомстить… Но Василий считал, что у них все еще есть шансы на полную победу.
26 августа 1895 года отряд туземцев, ведомый русским горным инженером, дерзко напал на силы голландцев, стоявшие лагерем у крепости Чакрангера. В бою было уничтожено больше половины неприятеля, а в качестве трофеев захвачены не только ружья, но и пушки. Повстанцы заняли крепость и приготовились держать осаду.
Этот успех, казалось, воодушевил всех местных жителей. Все на острове от мала до велика поднялись на борьбу с голландскими войсками, вооружившись винтовками, захваченными отрядом Малыгина у врага. Ломбокцы стояли насмерть, фигура ненавистного Оранга Русии (человека из России) вселяла в захватчиков ужас, появляясь среди клубов дыма и языков пламени.
Чтобы подавить восстание, генерал-губернатор пошел на беспрецедентные меры — затопил Ломбок кровью. После пятичасовой осады Чакрангера была взята, большинство сопротивлявшихся убито, а сокровищница раджи разграблена. Лидера восстания захватили в плен.
Следствие по делу Малыгина длилось два года, в течение которых закованный в кандалы Василий изнывал от жары в каторжной тюрьме. В 1896 году, когда его перевели по состоянию здоровья в тюремный госпиталь, бывший нефтяник сделал попытку побега, но был пойман и все же предстал перед судом: его приговорили к двадцати годам каторжных работ.
