Шестидесятистраничная декларация, которая стоила Изетбеговичу свободы, была опубликована на сербохорватском языке только в 1988 году. За это сочинение его стали называть «мусульманским националистом». Но он, скорее, исламский фундаменталист, мечтавший о возвращении к чистому, неиспорченному исламу. Это можно понять, прочитав его книги — «Ислам между Востоком и Западом» (1976) и «Проблемы исламского возрождения» (1981). В Союзе коммунистов он никогда не состоял — в отличие от других лидеров государств, возникших на территории бывшей Югославии.
Для понимания личности Изетбеговича стоит иметь в виду, что в своих сочинениях он призывал к «распространению ислама на все стороны частной жизни людей, на семейную и общественную жизнь путем возрождения исламской религиозной мысли и создания единого исламского сообщества от Марокко до Индонезии». И при размышлениях о будущем Боснии не надо забывать того, что, по мнению Изетбеговича, «ислам вправе самостоятельно управлять своим миром и потому недвусмысленно исключает право и возможность укоренения чуждой идеологии на своей территории».
Естественно, размышления религиозного писателя не обязательно будут догмой для действующего политика. Президент Изетбегович и его премьер-министр Силайджич постоянно повторяли, что хотят создать в Боснии светское, многонациональное государство. Тем не менее, соседи Боснии — и не только сербы и хорваты! — опасаются, что в центре Европы действительно возникнет исламское государство.
В 1988 году Изетбеговича амнистировали. В 1989 году он предложил создать исламскую партию, которая стала называться «Партией демократических действий».
В 1990 году его партия получила большинство мест на выборах в скупщину Боснии и Герцеговины. В январе 1991 года Алия Изетбегович стал председателем президиума Республики Босния и Герцеговина.
Изетбегович решил создать независимое государство, в которое никто, кроме него, не верил. Его власть над республикой была весьма призрачной. Независимую Боснию и Герцеговины признали только в апреле 1992 года. А в мае президента Изетбеговича, главу независимого государства, задержали сербы — офицеры Югославской народной армии в аэропорту Сараево, отвезли в армейскую казарму и предъявили ему свои требования. Этого унижения Изетбегович не забыл. Было время, когда Изетбегович правил не страной, а всего лишь осажденным городом, отрезанным от страны. Его резиденция в Сараево была главной целью сербской артиллерии. Чтобы покинуть город, ему нужно было разрешение и помощь ООН.
