Иногда чудесная помощь о. Серафима сопровождалась и чудесными знамениями. Вот что рассказывала об этом одна из почитательниц преподобного, княгиня Ш. Приехал к ней из Петербурга больной племянник ее. Она, не медля долго, повезла его в Саров к о. Серафиму. Молодой человек был объят таким недугом и слабостью, что не ходил сам, и его на кровати внесли в монастырскую ограду. Отец Серафим в это время стоял у дверей своей монастырской кельи, как бы ожидая встретить расслабленного. Тотчас он просил внести больного в свою келью и, обратившись к нему, сказал: «Ты, радость моя, молись, и я буду за тебя молиться; только смотри, лежи, как лежишь, и в другую сторону не оборачивайся». Больной долго лежал, повинуясь словам старца. Но терпение его ослабело, любопытство подмывало его взглянуть, что делает старец. Оглянувшись же, он увидел о. Серафима стоящим на воздухе в молитвенном положении, и от неожиданности и необычайности видения вскрикнул. Отец Серафим, по совершении молитвы, подошедши к нему, сказал: «Вот, ты теперь будешь всем толковать, что Серафим — святой, молится на воздухе... Господь тебя помилует... А ты смотри, огради себя молчанием и не поведай того никому до дня преставления моего, иначе болезнь твоя опять вернется». Он действительно встал с постели и, хотя опираясь на других, но уже сам, на своих ногах, вышел из кельи. В монастырской гостинице его осаждали вопросами: «Как и что делал и что говорил о. Серафим?» Но, к удивлению всех, он не сказал ни одного слова. Молодой человек, совершенно исцелившись, опять был в Петербурге и снова через несколько времени воротился в имение княгини Ш. Тут он сведал, что старец Серафим опочил от трудов своих, и тогда рассказал о его молении на воздухе.
Другой подобный случай засвидетельствован дивеевскими сестрами. «Идем это мы лугом, трава зеленая да высокая такая... оглянулись, глядим, а батюшка-то и идет на аршин выше земли, даже не касаясь травы. Перепугались мы, заплакали и упали ему в ножки, а он говорит нам: «Радости мои, никому о сем не поведайте, пока я жив, а после моего отшествия от вас, пожалуй, и скажите!»
Множество чудес совершалось и от святой воды из Серафимова источника. Первое исцеление произошло через две недели, 6 декабря. К о. Серафиму в этот день пришли из Дивеева две сестры — Прасковья Степановна и отроковица Мария Семеновна. С ними он и отправился к дальней пустыньке. Дошли до колодца. Преподобный рассказал им о нем. Прасковья Степановна была больна, все кашляла.
