При поступлении в должность настоятельницы матушки Екатерины в обители было уже 390 сестер. При ней на место казначеи и была назначена Ушакова. В 1859 году настоятельница Лодыженская, измученная внутренними неурядицами, решила покинуть Дивеево и уехать обратно в Пензу. Елизавета Алексеевна Ушакова оказалась преемницею ее.
При ней разразился самый грозный момент бури в Дивееве, дошедший даже до того, что епископа Нектария Нижегородского ударили по лицу. Но епископ Нектарий продолжал делать по-своему. Ушакова была отстранена от начальствования; на ее место по жребию была поставлена архиереем послушница Гликерия Занятова, сторонница о. Иоасафа.
Попечитель монастыря Н. А. Мотовилов не успокоился: исполняя завет преподобного Серафима, он отправился в Москву к митрополиту Филарету, коему все и изложил в Сергиевой Лавре через наместника архимандрита Антония. Благодаря вмешательству митрополита Филарета была назначена строгая ревизия.
В результате ее о. Иоасаф (Толстошеев) был совершенно отстранен от участия в обители; возвращена была начальницею Елизавета Алексеевна Ушакова, постриженная с именем Марии. А Дивеево было изъято из ведения Нижегородского архиерея и передано в управление Тамбовского епископа, каковым тогда был великий подвижник — епископ Феофан, впоследствии затворник Вышенский.
Жизнь Дивеева стала расцветать. Было окончено строительство собора. По благословению преосвященного Иеремии, собор был освящен в честь Пресвятой Троицы. Впоследствии, в 1880 году, был освящен правый придел храма в честь Умиления Божией Матери, а левый был оставлен до открытия мощей преподобного Серафима. В храме потом сами сестры монастыря расписали иконостас и стены.
К 90-м годам XIX века в обители собралось около 900 сестер. В Дивееве было более 30 корпусов для сестер и потребностей обители: трапезный, свечной, портновский, богадельня, больница, училище, живописный, стекольный, погребной, огородный, садовый, малярный и пр. За оградой — две гостиницы, конный двор, пять домов для священников.
Игуменья Мария (Ушакова) управляла обителью 42 года. Скончалась она 6/19 августа 1904 года. По ее завещанию и по единодушному выбору сестер ее преемницей стала казначея, монахиня Александра (Траковская).
Игуменья Александра была строгая и требовала от сестер точного исполнения монастырского устава. При ней был построен Преображенский собор. В то время в Дивеево и в Саров приезжало множество паломников.
