В сентябре 1918 года в обитель приехала опергруппа ОГПУ с требованием внести взнос в размере 300 тысяч рублей, а в ноябре на Саровскую пустынь был наложен единовременный чрезвычайный налог в размере одного миллиона рублей. В декабре начались обыски по кельям с изъятием имеющихся ценностей, но «предметы культа» пока еще не трогали.
В ноябре 1920 года, на IX съезде Советов города Темникова, было принято решение о вскрытии мощей преподобного Серафима Саровского. Создали специальную комиссию в количестве 157 человек. 17 ноября 1920 года комиссия собралась в монастыре. Несмотря на протесты верующих и священнослужителей, вскрытие раки с мощами преподобного старца началось. Чтобы избежать прикосновения к мощам рук безбожников, вскрывали мощи два иеромонаха — отец Маркелин, долго хранивший раку с мощами, и отец Руфин (в будущем он станет на короткое время настоятелем монастыря). Отец Маркелин открыл гробницу, и перед глазами оказалась фигура «...в виде очертания человеческого тела». После вскрытия мощи святого старца Серафима закрыли стеклянной рамой и выставили на обозрение.
Хозяйство Саровского монастыря было разорено, святыни осквернены. Один из последних настоятелей монастыря, игумен Руфин, так описал состояние обители: «Осталось 160 человек, в основном престарелые, больные, увечные, слепые и хромые, которые не могут трудом добывать себе пропитание.
Осталась одна надежда — на милосердие православных христиан». Игумен Руфин отправляет монахов на сбор пожертвований, необходимых для пропитания братии.
В апреле 1922 года в Темниковском уезде была образована комиссия по изъятию церковных ценностей. К концу 1925 года Саровский монастырь решили закрыть.
Шла подготовка к ликвидации, а Саровский монастырь праздновал двадцать третью годовщину канонизации преподобного Серафима. В Саров приехало около 11 тысяч паломников из многих городов России.
В августе 1926 года арестовали игумена Руфина, отца Маркелина, отца Леонида, отца Иерофея, отца Макария. Монастырь обезглавили. В марте 1927 года было принято правительственное решение о ликвидации Саровского монастыря. Оставшиеся имущество и строения были переданы в ведение Нижегородского управления НКВД.
На базе бывшего Саровского монастыря в 1927 году была создана детская трудовая коммуна. Она просуществовала три года. В ноябре 1931 года трудовая коммуна в Сарове была закрыта. После детской колонии силами НКВД в поселке организуется исправительная трудовая колония для подростков и взрослых заключенных. Силами заключенных была запущена деревообрабатывающая фабрика, на которой изготавливали кузова для горьковских автомобилей. Как и монастырь, колония жила в автономном режиме.
