Десятый настоятель Саровской пустыни — Исаия II (в миру Иона Иванович Путилов), происходил из рода серпуховских купцов. В 1806 году он вместе с братом Тимофеем (впоследствии настоятелем Оптиной пустыни Моисеем) поступил в Саровскую обитель. В ноябре 1812 года он был пострижен в иночество, а уже в 1813 году рукоположен в иеродиакона. Два года спустя он был рукоположен во иеромонаха, а с 1822 по 1842 годы занимал должность казначея.
В 1842 году по смерти игумена Нифонта был избран братией настоятелем Саровской обители, первоначально исполнял должность строителя, а в 1846 году епископом Тамбовским Николаем был возведен в сан игумена.
Игумен Исаия был примером подвижнической жизни для братии. Он не опускал ни одной церковной службы и неизменно ходил на общее келейное правило, поскольку по его мнению: «Монах без правил — не монах». При этом он не удовлетворялся одним только строгим исполнением устава, а поучал братию любви к Богу и ближним; он говорил так: «Без любви Божией и без мира с ближними лицезрения Божия не сподобимся. Надобно иметь между собой нелицемерную любовь, быть в послушании, в терпении со смирением, а одни поклоны нас не спасут».
Во время его управления Саровской пустынью был отремонтирован и отчасти переделан теплый собор в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник», в котором также был устроен новый иконостас. При нем же были построены северный и южный притворы в больничном храме Соловецких чудотворцев.
Игумен Исаия II отошел ко Господу 16 апреля 1858 года. Его преемником был избран иеромонах Серафим (в миру Спиридон Андреевич Пестов), происходивший из крестьян Пермской губернии. В Саровский монастырь он поступил в 1823 году. В 1835 году он был пострижен в монашество, и в том же году рукоположен во иеродиакона. В 1844 году рукоположен во иеромонаха. С 1848 по 1858 год исполнял должность казначея монастыря.
После избрания в 1858 году настоятелем игумен Серафим заботился о неуклонном исполнении устава, данного Саровской обители ее первоначальником. Его трудами в обители было заведено правильное лесное хозяйство. В ноябре 1872 года игумен Серафим по слабости здоровья ушел на покой.
Двенадцатым настоятелем Саровской пустыни был игумен Иосиф (в миру Иван Петрович Шумилин), из купеческого сословия города Пронска. В Саровскую обитель он поступил в 1842 году; в 1850 году был пострижен в монашество. Четыре года спустя был рукоположен во иеродиакона, а еще через три года в иеромонаха. Проходил послушание ризничего и заведовал синодиком пустыни.
