4 ноября 1942 года «С-9» прибыла в Ленинград для ремонта и зимней стоянки.
В свой последний поход для разведки Нарген-Порккалаудского рубежа «С-9» вышла 30 июля 1943 года. К этому времени немцы значительно усилили ПЛО в Финском заливе.
7-9 августа подводная лодка обследовала противолодочные сети и сообщила об обстановке. Попытка форсирования сетевого заграждения окончилась неудачей. Пытаясь прорваться, «С-9» выпустила в сторону сетей торпеду, но была замечена силами ПЛО и атакована. В ночь на 12 августа подводная лодка сообщила о своем возвращении и запросила время и место встречи с эскортом. Больше «С-9» на связь не выходила. 4 сентября к западному берегу острова Сескар прибило труп старшего рулевого подводной лодки старшины 2-й статьи К. Т. Дикого с надетым прибором ИСА-М.
Можно предположить, что лодка погибла на минном заграждении «Насхорн» в районе банки Негрунд-Намси 14–15 августа 1943 года. Также существует версия, что «С-9» погибла в результате атаки финского эскортного корабля «Виско» северо-восточнее острова Кери 15 августа 1943 года.
Вместе с лодкой погибло 45 членов экипажа.
5 боевых походов:
03.07.1941-22.07.1941.
31.10.1941-13.11.1941.
12.08.1942-18.08.1942.
05.09.1942-30.10.1942.
26.07.1943 — из похода не вернулась.
В результате действий подводной лодки повреждены танкер «Миттельмеер» (6370 брт., 18.09.1942) и транспорт «Хёрнум» (1467 брт., 28.09.1942). Всего 2 судна суммарным водоизмещением 7837 брт.
Заложена 10 июня 1937 года на заводе № 112 (Красное Сормово) в Горьком (Нижний Новгород) под стапельным номером 242 и литерным обозначением «Н-10». 20 октября 1937 года подводная лодка получила обозначение «С-10». 20 апреля 1938 года корабль спущен на воду и 25 декабря 1940 года вступил в строй. 31 декабря 1940 года «С-10» вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
Начало Великой Отечественной войны «С-10» встретила под командованием капитана 3-го ранга Бакунина Бориса Константиновича (командир с сентября 1939 года) в составе 2-го дивизиона 1-й бригады ПЛ КБФ в Усть-Двинске.
23 июня вышла в боевой поход для действий в северной части Данцигской бухты. На переходе «С-10» подверглась безрезультатной атаке немецкой субмарины «U-140». (24 июня она выпустила по «С-10» 2 торпеды.) 24 июня подводной лодке приказана разведать подходы к Пиллау. В ночь на 28 июня с «С-10» пришло сообщение, что она имеет повреждение, не может погружаться и утром будет в Либаве. Поскольку город был уже в руках немцев, «С-10» получила приказ следовать в Усть-Двинск. Спустя несколько часов штаб бригады принял донесение: «Терплю бедствие. Нуждаюсь в немедленной помощи», по характеру работы ключа соответствующее почерку радиста «С-10». Больше сигналов с лодки не поступало, и на базу она не вернулась. Скорее всего «С-10» подорвалась на мине и была замечена патрульными кораблями. Пытаясь уйти от них на полной скорости в надводном положении, субмарина потеряла запас плавучести и затонула в районе между Либавой и Виндавой. Существует еще одно предположение обстоятельств гибели «С-10»: 27 июня в Ирбенском проливе немецкие торпедные катера «S-59» и «S-60» из состава 3-й катерной флотилии атаковали подводную лодку. Ни время, ни место атаки не соответствуют времени и месту гибели «С-10», что дает основания считать эту версию маловероятной. Кроме того, существует вероятность гибели подводной лодки на минах, выставленных у Либавы базовым тральщиком «Т-204» («Фугас») в первый день войны. Вместе с лодкой погибло 40 человек.
