Вечером 28 сентября «С-9» перешла к острову Лавенсари для несения дозорной службы на случай появления там немецких кораблей. (В тот момент командование флота допускало появление у Кронштадта немецкой эскадры, включающей линкор «Тирпиц» и другие крупные корабли кригсмарине.) За двадцать дней дозора подводная лодка наблюдала лишь финские катера. 21 октября она вернулась в Кронштадт. Настроение экипажа было подавленным. В дополнение ко всему обострились отношения личного состава лодки и ее комиссара А. Ф. Селезнева. Вскоре были арестованы командир отделения электриков Александров и старший моторист Зимин.
Такая атмосфера сопровождала второй выход подводной лодки в море. Вечером 31 октября «С-9» покинула Кронштадт с задачей ведения дозора у острова Эре на подходах к Ханко с целью прикрытия эвакуации базы с последующим действием в Аландском море и Ботническом заливе (позиция № 7). Утром 7 ноября при нахождении на грунте во время шторма подводная лодка ударами о камни повредила лопасти правого винта, вертикальные и горизонтальные рули были заклинены. Через несколько часов при безграмотном всплытии (лодка всплыла кормой к волне в 9-балльный шторм) смыло за борт командира Рогачевского, вахтенного офицера Милованава и сигнальщика Дрохина (по данным В. Правдюка рулевого Иванчука). Масса воды, попавшая в лодку через открытый рубочный люк, придала субмарине отрицательную плавучесть, и она чуть не погибла, провалившись на глубину 56 м. К счастью, люк удалось задраить. Через 10 минут лодка всплыла, но обнаружить смытых волной людей не удалось. В отсутствие командира в командование лодкой вступил его помощник старший лейтенант Дьяков. 9 ноября «С-9» начала возвращение на базу, и 13 ноября благополучно прибыла в Кронштадт. Больше в 1941 году лодка в море не выходила. Первую военную зиму она провела в Ленинграде, где 16 декабря получила осколочные повреждения корпуса в результате артобстрела.
14 января 1942 года командовать «С-9» назначен капитан-лейтенант (затем капитан 3-го ранга) Мыльников Александр Иванович.
12 августа 1942 года лодка вышла к острову Лавенсари для подготовки к прорыву на Балтику (позиция № 8 в Ботническом заливе), но из-за отсутствия сил обеспечения выхода и обнаруженной неисправности гирокомпаса была вынуждена задержаться. Днем подводная лодка лежала на грунте и только ночью всплывала для проветривания отсеков. Вечером 19 августа при всплытии «С-9» попала в противолодочную сеть и от взрыва подрывного патрона получила повреждения ряда приборов и механизмов 5-го и 6-го отсеков, что заставило ее в ночь на 23 августа вернуться в Кронштадт для ремонта.
