Подводные лодки учебной бригады подводных лодок КБФ (командир контр-адмирал Заостровцев А. Т.) находились в Ленинграде и Кронштадте. В его состав входили 9-й дивизион под командованием капитан-лейтенанта Мохова Н. К. («М-72», «М-73», «М-74», «М-75», «М-76»), 13-й и 14-й («Л-1», «Л-2», «Л-20», «Л-21», «Л-22») дивизионы ПЛ. В отдельный учебный дивизион при учебном отряде подводного плавания в Ораниенбауме входили: «П-1», «П-2», «П-3», «Щ-301», «Щ-302», «Щ-305», «Щ-306», «Щ-307», «Щ-308», «Б-2», «Л-55». Кроме того, учебная бригада и отдельный учебный дивизион включали в себя ремонтирующиеся либо незавершенные постройкой «Щ-303», «Щ-304», «Щ-405», «Щ-406», «Щ-407», «Щ-408», «Щ-411», «Щ-412», «Щ-413», «Щ-414», «Р-1», «М-200», «М-201», «М-202», «М-203», «М-204», «М-205», «М-206», «М-400», «М-401», «К-3», «К-22», «К-51», «К-52», «К-53», «К-54», «К-55», «К-56», «Д-2», «С-11», «С-12», «С-13», «С-19», «С-20», «С-21».
По уровню боевой подготовки подводные лодки делились на три линии. Первая включала в себя полностью боеготовые подводные лодки, т. е. не имевшие перерыва в боевой подготовке за исключением зимнего периода. Хотя начиная с 1940 года подготовка проводилась в течение всего года без деления на летний и зимний периоды, сезонность в ее проведении оставалась. Вторая линия включала в себя подводные лодки, находящиеся в ремонте либо имеющие значительную смену личного состава. К третьей линии относились подводные лодки, вновь построенные и недавно вступившие в строй. К началу войны КБФ насчитывал лишь 4 подводные лодки первой линии («М-78», «М-79», «М-96» и «М-97»). Остальные подводные лодки входили во вторую линию (26 единиц) и считались относительно боеспособными, числились на оргпериоде (11 единиц) или «вне линии», т. е. в ремонте.
В отличие от РККА первые залпы войны не застали флот врасплох. Несколько подводных лодок находились в боевом дозоре. Базы, наиболее приближенные к границе, были затемнены, часть крупных кораблей перебазирована в Кронштадт. В первый день войны советский ВМФ не потерял ни одного корабля. 23 июня началось развертывание подводных лодок КБФ в районах судоходства противника. «С-4» вышла в район Мемеля, «С-6» — в Померанекую бухту, «С-10» — в Данцигскую бухту, «Щ-309», «Щ-310» и «Щ-311» — в среднюю часть Балтийского моря, «М-90» — в Финский залив. На следующий день «С-5» вышла в район Борнхольма. Подводный минный заградитель «Л-3» выставил мины в районе Мемеля.
