1-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Трипольский А. В., с ноября капитан 2-го ранга Юнаков Е. Г.) включал в себя подводные лодки «С-4», «С-7», «С-8», «С-9», «С-12», «С-13» при плавбазе «Смольный».
2-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Полещук В. А.) состоял из подводных минных заградителей «Л-2», «Л-3», «Калев» и «Лембит» при плавбазе «Иртыш».
3-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Червинский В. А.), в котором при плавбазе «Полярная Звезда» состояли «Щ-303», «Щ-304», «Щ-309», «Щ-310», «Щ-311», «Щ-405», «Щ-406».
4-й дивизион (врид капитан-лейтенант Костылев Л. Н., с октября — командир капитан 2-го ранга Егоров В. А.) включал в себя «Щ-317», «Щ-318», «Щ-319», «Щ-320», «Щ-322», «Щ-323», «Щ-324», «Щ-407», «Щ-408» при плавбазе «Ока».
5-й дивизион (командир капитан-лейтенант Мохов Н. К.) при плавбазе «Аэгна» состоял из «М-90», «М-95», «М-96», «М-97», «М-98», «М-102», «М-77», «М-79».
Отдельный учебный дивизион (командир капитан 2-го ранга Эйхбаум Н. Э.) при плавбазе «Дус» включал в себя «П-2», «П-3», «Щ-302», «Щ-305», «Щ-306», «Щ-307», «Щ-308», «Б-2» и «Л-55».
В дивизион вновь строящихся и капитально ремонтирующихся кораблей (командир капитан 2-го ранга Шевцов Е. В.) входили «Д-2», «К-51», «К-52», «К-53», «К-54», «К-55», «К-56», «Л-21», «Щ-411», «Щ-412», «Щ-413», «Щ-414», «М-72», «М-73», «М-74», «М-75», «М-76», «Р-1», «М-400». В дальнейшем «малютки» дивизиона еще до конца войны были исключены из состава флота и сданы на разборку. Достройка кораблей в условиях блокадного города составляла известную проблему. Так и не вступили в строй «Щ-413», «Щ-414», «К-54» и экспериментальная «М-400».
В конце сентября немцы, ожидая падения Ленинграда и опасаясь, что советские корабли предпримут попытку интернирования в Швеции, создали на Балтике соединение, куда вошли линкор «Тирпиц», крейсера «Адмирал Шеер», «Кельн», «Нюрнберг», «Эмден», эсминцы «Z-25», «Z-27», «Z-28», 2-я флотилия миноносцев и 3-я флотилия торпедных катеров. Флот противника перекрыл район между Аландскими островами и побережьем Курляндии. Командование КБФ, видя развертывание кораблей противника, предположило, что немцы собираются с моря атаковать Кронштадт и Ленинград. На тот случай, если немецкие корабли появятся в Финском заливе, к востоку от Гогланда и в Нарвском заливе в «позициях ожидания» были развернуты подводные лодки. Больше месяца противники напрасно ждали друг друга. В это время немцы сумели использовать корабли для поддержки своих войск на Моонзундских островах.
