Столь же шатким было положение и в военно-промышленном комплексе.
Именно в годы черномырдинского премьерства сложились особенно неблагоприятные экономические условия для оборонных отраслей.
В 33 раза сократился государственный оборонный заказ. Резко упал средний уровень зарплаты. С бюджетной поддержки сняли ряд направлений. Продолжалась «утечка мозгов». Отрасли испытывали проблему с кадрами вследствие их старения.
По данным Минэкономики, по состоянию на 1 января 1998 года общая задолженность предприятий оборонного комплекса составила 97 миллиардов рублей, из них 13,3 миллиарда — долг федеральному бюджету, а остальное — пени и штрафы за просроченную задолженность и долги перед поставщиками. Общий долг государства перед предприятиями оборонного комплекса за 1997 год составил 19,9 миллиарда деноминированных рублей. Часть этой суммы была накоплена по вине самих предприятий, которые произвели продукции больше, чем было запланировано государственным оборонным заказом, или выпускали конверсионную продукцию, которая вообще не подпадала под госзаказ. По данным же Минобороны, в 1997 году долги предприятиям военно-промышленного комплекса России за поставленную продукцию и предоставленные услуги составили около 25 миллиардов рублей.
Недостаточность оборотных средств, хронические неплатежи, непомерные налоги, доходившие до 90 процентов, привели к огромной задолженности предприятий ВПК перед госбюджетом и внебюджетными фондами. Упала инвестиционная активность, затормозились процессы обновления основных производственных фондов. Предприятия ВПК, не имея своевременного авансирования оборонного заказа и конверсионных программ из бюджета, вынуждены были брать кредиты в коммерческих банках под высокие проценты, закладывать свое имущество. В 1996–1997 годах из-за задержек в оплате выполненных работ предприятия заплатили банкам по процентам за кредиты почти ту же сумму, что получили из госбюджета. Массовые сокращения квалифицированного научно-производственного персонала вели к разрыву технологических цепочек.
В 1998 году государственный оборонный заказ планировалось разместить лишь на 700 из 1700 предприятий ВПК. Главная причина — финансово-экономический кризис, испытываемый всем народным хозяйством и оборонным комплексом как его составной частью. Загрузка производственных мощностей находилась на уровне 10–15 процентов. Морально устарело 40 процентов оборудования. Оплата труда в ВПК продолжала отставать примерно на 40 процентов от оплаты в промышленности в целом.
