Филипп III и его двор неодобрительно смотрели на независимость Фландрии (тем более, что это была лишь призрачная независимость) и считали необоснованной передачу этой страны эрцгерцогу, поскольку все равно вся тяжесть продолжавшейся там войны ложилась на Испанию. Альберт, со своей стороны, старался, по крайней мере внешне, поддерживать видимость самостоятельности переданных ему владений. С этой целью он пытался в 1599 г. получить титул короля. В 1609 г. он возобновил свои домогательства, но столь же неудачно. В 1607 г. Альберт, в согласии с Генрихом IV и, по-видимому, с папой, проектировал полное отделение Фландрии от Испании и передачу прав на Фландрию французской принцессе. Эти попытки усилили подозрительность Филиппа III, который не только относился к нему недоверчиво, но и несколько раз пытался аннулировать акт о передаче Фландрии. Так, в 1606 и 1608 гг. он предлагал эрцгерцогу отказаться от суверенитета, но Альберт не дал своего согласия, находясь под влиянием некоторых испанцев, и, в частности, адмирала Арагонского (бывшего в течение некоторого времени командующим испанскими войсками в Нидерландах), против которого в связи с этим было возбуждено судебное преследование (1609 г.).
16 апреля 1608 г. король дал Спиноле инструкции на случай, если инфанта скончается раньше, чем эрцгерцог, а последний откажется от присяги испанскому королю. Инструкции предусматривали арест эрцгерцога и принятие других, соответствующих могущему создаться положению мер. Замыслам испанского короля в сильной мере способствовало то обстоятельство, что эрцгерцог был крайне заинтересован в решении вопроса о Клеве и Юлихе в пользу католической партии, для чего необходима была помощь испанцев. Несомненно, примирению не могло не содействовать и крушение всех планов эрцгерцога, а также уверенность в том, что условия договора 1598 г. непременно будут выполняться. К 1614 г. относится ряд писем и сообщений, свидетельствующих о готовности Альберта примириться с актом 1616 г. Начиная с этого момента эрцгерцог, несмотря на титул владетельного государя, превратился в простого наместника испанского короля.
В 1620 г. в связи с тем, что Филипп III и эрцгерцог сочли нужным оказать помощь германскому императору Фердинанду в его борьбе с протестантским кандидатом в императоры графом Палатинским, Испания оказалась вовлеченной в новую войну (Тридцатилетнюю войну). Принадлежа к Австрийскому дому, Фердинанд, естественно, пользовался поддержкой детей Филиппа II
