Что касается участия короля в убийстве Эскобедо, то, судя по обстоятельствам дела, обвинение, выдвинутое Пересом, вполне справедливо. Приказ об убийстве Эскобедо действительно исходил от Филиппа (1577 г.) и был вызван политическими мотивами, касавшимися планов дона Хуана Австрийского. Остается выяснить причину, по которой вся ответственность за это убийство возлагалась на Переса, бывшего не более чем исполнителем королевской воли. В одном из своих сочинений Перес утверждает, что поступок короля был продиктован ревностью к своему секретарю, находившемуся в любовной связи с княгиней Эболи. Однако вряд ли одной только склонностью к княгине можно объяснить ту ненависть, с какой, начиная по крайней мере с 1582 г., Филипп преследовал Переса. Возможно, просмотр бумаг Переса открыл королю глаза на то, что Перес в личных целях преувеличивал важность политических интриг дона Хуана и его секретаря, и это послужило главной причиной смерти Эскобедо и породило у Филиппа подозрения против брата. Король еще в 1577 г. приказал убить Эскобедо (и в тот момент это могло быть оправдано с точки зрения существовавших тогда норм и понятий о государственной необходимости), а убийство было совершено в марте 1578 г., когда всякие государственные соображения уже отпали; возможно, что эти обстоятельства стали известны королю. В таком случае можно предположить, что это была сугубо личная месть Переса или его желание избавиться от политического) врага, так как Перес принадлежал к партии мира, а Эскобедо и дон Хуан были решительными сторонниками продолжения войны.
Как бы то ни было, вопрос этот очень трудно решить с абсолютной достоверностью ввиду многочисленности ложных измышлений, распространявшихся Пересом, а также скудости документальных сведений.
Скитаясь по различным европейским дворам, Перес несколько раз делал попытки к примирению с Филиппом II, но все они кончались безрезультатно. Однако, с другой стороны, он не упускал ни малейшей возможности оклеветать своего бывшего повелителя. После смерти Переса его дети добились от Сарагосской инквизиции полного отпущения грехов их отцу, заподозренному в ереси (18 июня 1615 г.).
Политика Филиппа III во Фландрии и Германии. 13 сентября 1598 г. Филипп II скончался от подагры, вызвавшей страшные язвы; боль он переносил с поразительным мужеством. Перед смертью он наказывал своему наследнику принцу Филиппу свято блюсти католическую веру и справедливо управлять своими подданными. Инфанте Изабелле, к которой перешли Нидерланды, он дал аналогичные наставления. К несчастью, наследник испанского престола не обладал качествами, необходимыми для разрешения серьезнейших политических проблем, возникших еще в правление Филиппа II, а передача Нидерландов инфанте Изабелле не освобождала Испанию от того тяжелого военного бремени, которое она вынуждена была нести в результате религиозной и в то же время освободительной борьбы нидерландского населения.
