Пробыв несколько месяцев в заключении, Карлос скончался. Истинная причина его смерти никому не известна. Обвинение Филиппа в убийстве своего первенца ни на чем не основано. После смерти Карлоса (25 июня) наследницей престола стала инфанта Изабелла, пока в 1571 г. у Филиппа не родился еще один сын.
Антонио Перес и восстание в Сарагосе. Трагедия с доном Карлосом омрачила первые годы царствования Филиппа. Другое происшествие, не менее важное, взбудоражившее страну и вызвавшее большие осложнения, произошло в последние годы его правления. В 1567 г. среди секретарей короля появился молодой арагонец по имени Антонио Перес, человек очень светский, умный, хитрый, даровитый писатель, сумевший быстро завоевать расположение и доверие Филиппа, конечно, настолько, насколько это было вообще возможно при обычной подозрительности этого монарха.
Антонио Перес принадлежал к той придворной группе, которую возглавлял Руй Гомес, князь Эболи, заклятый враг герцога Альбы. Некоторое время эта группа опиралась на могущественную поддержку дона Хуана Австрийского, который, согласно инструкциям короля, должен был продолжать в Нидерландах компромиссную политику Рекесенса. Сама должность Переса при дворе вынуждала его вести активную переписку с доном Хуаном й его секретарем Эскобедо. Через Переса, которому правитель Нидерландов вполне доверял, король узнал о проектах дона Хуана относительно вторжения в Англию и о других его планах, о которых мы уже говорили.
Филипп получал через Переса точную информацию даже о самых доверительных письмах дона Хуана, в которых тот жаловался на растерянность короля и неопределенность его распоряжений. В 1577 г. Эскобедо прибыл в Мадрид с поручением от своего господина просить Филиппа о новой денежной субсидии, необходимой для ведения войны. Спустя 10 месяцев Эскобедо был убит на одной из мадридских улиц (10 марта 1578 г.). Общественное мнение прямо обвиняло Переса в убийстве. Сын Эскобедо обратился с жалобой к королю, который в то время решил не принимать никаких мер против своего секретаря. Семья Эскобедо и враги Переса (в том числе некоторые королевские секретари) продолжали настаивать на наказании виновного в убийстве. Только через 16 месяцев Филипп приказал схватить Переса вместе с княгиней Эболи — его любовницей и самой близкой советчицей. Арест Переса мотивировался ссорой с другим секретарем короля — Васкесом и нежеланием мириться. Четыре месяца Перес находился под арестом в доме алькальда Альваро Гарсиа де Толедо. Затем ему разрешили вернуться домой. Помирившись с Васкесом, Перес приступил к своим обычным обязанностям.
