Кроме Филиппа, претендентами на португальский престол были: герцогиня Брагансская — дочь младшего сына короля Мануэля, предшественника короля Себастьяна, и приор де Крату, дон Антониу — законный сын инфанта Луижа (сына короля Мануэля). Филипп утверждал свой приоритет на основании того, что он был сыном младшей дочери Мануэля — императрицы Изабеллы. Против кандидатуры Филиппа говорил закон (известный под названием закона Ламегу), по которому иностранцы исключались из числа претендентов. Филипп возражал, утверждая, что испанский король не может считаться иностранцем в Португалии.
Главным соперником Филиппа был очень популярный в Португалии дон Антониу, пользовавшийся поддержкой населения, духовенства, части знати и, наконец, папы. Сам португальский король дон Энрике склонялся к кандидатуре герцогини Брагансской, пользовавшейся, по свидетельству испанского посла Моуры, поддержкой иезуитов. Однако Филипп не постеснялся обнародовать свою программу, полную обещаний и заявлений об уважении автономии Португалии. С помощью такой программы и интриг своих представителей он добился согласия большей части португальской знати, которая на кортесах, собранных в 1580 г. в Альмейрине, проголосовала за провозглашение Филиппа наследником. Духовенство также подало свой голос за Филиппа. Против него голосовали только представители народа.
Вскоре, 31 января, как и ожидал Филипп, умер дон Энрике, не успев назначить себе преемника. Почва была расчищена. Филиппу, заручившемуся поддержкой иезуитов и самого генерала их ордена Меркурино, оставалось только действовать.
Присоединение Португалии, как и следовало ожидать, прошло не совсем гладко. Сторонники приора провозгласили его в Лиссабоне королем Португалии. Тогда Филипп, подготовлявший уже с 1579 г. войска, отправил против него тридцатитысячную армию под начальством герцога Альбы, который в короткий срок овладел главными крепостями Португалии и вошел в столицу. Попав в очень тяжелое положение, приор бежал сначала в Опорто, а потом, преследуемый генералом Санчо Давилой, в Виллану де Кастельо (в окрестностях которого он чуть было не попал в руки испанских солдат).
Скрываясь от преследований, приор скитался по всей стране в сопровождении небольшой группы людей, оставшихся ему верными. Была сделана попытка заключить с ним соглашение, но переговоры ни к чему не привели, и приор бежал во Францию. С помощью французов его сторонники сумели продержаться на Азорских островах вплоть до июля 1582 г. Только блестящая морская победа, одержанная маркизом де Санта-Крусом у острова Сан Мигель над французским флотом, положила конец их сопротивлению.
