Все перечисленные серьезнейшие причины усугублялись давно существовавшей антипатией Филиппа к фламандцам (в отличие от Карла), которые отвечали ему тем же. Идеи, вкусы, сам образ жизни — все отличало Филиппа от его подданных. Независимое поведение некоторых местных аристократов (аналогичное поведению адмирала Кастилии по отношению к Карлу I) сильно задевало короля. Филипп стал с подозрением относиться к их лояльности и в особенности к поведению принца Вильгельма Оранского, правителя Голландии и Зеландии, и графа Эгмонта, правителя Фландрии и Артуа. Раздражение Филиппа против Оранского выразилось в сильных упреках, которые он ему адресовал при отбытии в Испанию. Король назвал его единственным виновником тех трудностей, с которыми он столкнулся в генеральных штатах.
Два советника Филиппа, один в Испании (Альба), другой во Фландрии (Гранвела), убеждали короля принять решительные меры, в особенности против протестантов-кальвинистов, которые после вынужденного отвода испанских войск воспрянули духом и стали открыто совершать свои богослужения и слушать своих проповедников. Несмотря на приказ Филиппа о прекращении протестантского богослужения, фламандские власти отказались его выполнить, да и сама правительница сочла очень опасным настаивать на исполнении приказа Филиппа.
Фламандская знать, недовольная действиями Гранвелы (назначение которого архиепископом Малинским с титулом примаса, то есть главы всей местной церкви, еще более усилило недоверие к нему), отправила в Испанию своего представителя, барона де Монтиньи, для принесения жалобы королю. Филипп оставил эту жалобу без внимания. В виде протеста герцог Оранский и граф Эгмонт отказались от своих должностей советников (1563 г.), а фламандская знать направила Филиппу несколько писем, в которых выдвигалось требование об отставке Гранвелы. Некоторое время Филипп никак не реагировал на эти требования, но в конце концов Гранвела получил отставку (1564 г.). Казалось, что эта мера внесет успокоение. Несмотря на сопротивление правительницы, злоупотребления и насилия, чинившиеся приспешниками Гранвелы, продолжались, поддержанные втайне самим королем. Инквизитор Тительман доходил до такой крайности, что осуждал без всякого следствия даже людей, известных своей приверженностью к католической вере. Недовольство всех социальных слоев населения сильно возросло, и религиозная борьба резко обострилась.
Местная знать, убедившись в том, что отставка Гранвелы ничего не изменила, снова отправила к королю своего представителя, на этот раз графа Эгмонта (январь 1565 г.). Король обещал исправить недостатки в управлении страной и смягчить суровость принятых мер. Но на деле он предложил правительнице следить за строгим исполнением ранее отданных приказов, в особенности направленных против протестантов (октябрь 1565 г.), то есть как раз тех приказов, по поводу жестокости которых специальная комиссия из фламандских епископов и теологов сделала королю представление. Но именно по этому пункту король принял уже совершенно твердое решение. Из письма Филиппа к сестре следует, что он готов был сжечь, если понадобится, 60 000 или 70 000 человек для искоренения ереси во Фландрии.
