Все эти меры были приняты слишком поздно, чтобы произвести тот эффект, который мог быть получен в самом начале движения комунерос. Восставшие все более расширяли политическую деятельность и укрепляли свое господство. 10 сентября они вернулись в Тордесильяс и с разрешения королевы перенесли туда хунту из Авилы. Маркизы Дениа, состоявшие стражами при королеве, были изгнаны из дворца. Хунта была подлинной правительницей Кастилии и держала кардинала-наместника в постоянном страхе. Письма кардинала и коннетабля к императору ясно свидетельствуют об ухудшении положения в стране начиная с первых чисел сентября. Коннетабль писал: «С того самого дня, когда горел город Медина дель Кампо, они захватили королеву, нашу повелительницу и вашу августейшую мать, отобрали принадлежавшую вам судебную власть и крепости, все богатства и все остальное, что только есть; отсюда (от Бривиески) до самой Сьерра-Морены все охвачено восстанием». 12 сентября кардинал писал: «По сей день мы не нашли никого, кто согласился бы поднять за вас копье». Далее кардинал умолял короля принять более крутое решение и прибавлял: «Если действовать более сообразно положению в стране, то ока не будет находиться в такой опасности, как теперь». В письме от 14 сентября, подчеркивая серьезность положения, он писал: «Совершенно невозможно найти во всей Старой Кастилии хотя бы одно селение, где мы могли бы находиться в безопасности и которое не присоединилось бы к бунтовщикам».
Хунта, находясь в Тордесильясе, призывала не подчиняться ни кардиналу, ни королевскому совету и даже настаивала на аресте кардинала и членов совета. Она обсуждала вопрос о том, от чьего имени должны исходить приказы — от имени короля, от имени королевы или от имени городских общин, — и требовала от всех высших должностных лиц подчинения, присваивая себе правительственные функции. Королева Хуана, которой представлялись все депутаты (от 12 городов и местностей, имевших представительство в кортесах), одобрила их позицию и обещала свою поддержку (24 сентября). Казалось, что успех решительно склоняется на сторону восставших.
Перемены в лагере восставших. Несмотря на все успехи, движение городов в самом себе носило зародыш разложения. С одной стороны, среди повстанцев появилась опасная тенденция к мщению и насилию над всеми, кого они считали виновными в бедствиях, ставших причиной восстания. Так, например, в Медине повстанцы убили всех, кого они подозревали в содействии Фонсеке, и разграбили множество домов. Вместе с тем, по мере своего расширения, движение приобретало наряду со своим первоначальным чисто политическим характером (объединявшим все классы и в первую очередь мелкое дворянство) отчетливо народный, антисеньериальный характер
