Отца и сына отправили в Константинополь. Восемнадцать дней они ехали верхом по морозу, снегу и вьюге. По прибытии в столицу империи им набили на ноги тяжелые колодки, а наутро вновь разлучили. Раковского бросили в подземный каменный мешок Топхане — самой страшной тюрьмы Константинополя. Прошло целых шесть месяцев, прежде чем он снова увидел дневной свет: его вывели на очную ставку с отцом. Оба были бледны как мертвецы, одеты в тряпье, полусгнившее от сырости, их волосы и бороды были нечесаны, а цепи успели заржаветь.
Ни угрозы, ни посулы, ни хитро обдуманные ловушки не помогли вынудить у них признания, и правительству был направлен следующий доклад: «Подвергнув Стойко и Саву Поповичей самым жестким и тяжелым мерам в течение шести месяцев, допросив их самым тонким образом и послав в Болгарию лучших шпионов для наведения о них справок, не обнаружив после всего за этими людьми никакой вины, если не считать сплетен о деревенских счетах, суд Топхане постановил этих людей — отца и сына — освободить». Было даже решено призвать клеветников к ответу.
Плача от радости, отец и сын обняли друг друга. С них сняли цепи. Однако котленские чорбаджии не сдавались; они подкупили патриарха, чтобы он опротестовал приговор; его поддержал Стефан Богориди. Верховный суд не принял во внимание решение Топхане и приговорил отца и сына к семи годам строгого тюремного заключения.
Сидя в тюрьме, где, по свидетельству самого Раковского, их товарищами были бандиты, головорезы, воры и отцеубийцы, они продолжали отстаивать свою невиновность. Они посылали петиции, искали связей с влиятельными людьми и истратили все немалое состояние Стойко на взятки. Их сторонники в Котеле и болгарские купцы в Константинополе также подали петиции правительству и, как это ни удивительно, собрали немало подписей османов. Однако чорбаджиям и патриархии удалось склонить чашу весов в свою пользу и не допустить пересмотра дела.
К счастью, мученикам не пришлось отбыть срок заключения полностью. В 1846 году был назначен новый великий визирь; он обладал чувством справедливости в достаточной мере, чтобы распорядиться о пересмотре дела, однако не был настолько горд, чтобы не принять крупной взятки от жены Стойко. Поповича выпустили из тюрьмы в конце 1847, а Раковского — в мае следующего года. Тогда Стефан Богориди, из дипломатических соображений постоянно ходивший по канату между осторожным патриотизмом и демонстративной лояльностью к туркам, вручил Стойко бумагу, возлагавшую всю вину за случившееся на неосмотрительное поведение сына. Стойко вернулся в Котел; здоровье его было подорвано, состояние утрачено. Раковский же остался в Константинополе, где у него было много друзей и знакомых; в их числе нашлись люди, занимавшие министерские посты, и он надеялся, что сумеет расплатиться с семейными долгами.
