Основоположником петербургской школы терапевтов был профессор Военно-медицинской академии Сергей Петрович Боткин (1832–1889), крупнейший отечественный ученый-клиницист, научное наследие которого до сих пор имеет огромное значение. Все вопросы клиники С. П. Боткин решал на высоком теоретическом уровне «приемами естествоиспытателя», будучи убежден, что «практическая медицина должна быть поставлена в ряд естественных наук» и что «значение врачебного искусства будет уменьшаться по мере увеличения точности и положительности наших сведений». С. П. Боткин хорошо видел недочеты западноевропейской «госпитальной», т. е. чисто эмпирической, медицины. В прогрессивном представлении С. П. Боткина понятие о болезни неразрывно связывается с ее причиной, которая всегда обусловливается только внешней средой.
Благодаря правильным широким взглядам С. П. Боткина на сущность болезни ему ясны были отрицательные стороны переживавшегося в то время медицинской наукой периода увлечения микробами, «из-за которых начинают забывать не только клинику, но и патологическую анатомию тканей, забывают значение реакции организма на микробы». Через всю научную деятельность С. П. Боткина в его лекциях красной нитью проходит борьба за научную гипотезу, органически связанную с клинической практикой. Он увлекательно и строго логично раскрывает патогенез болезни, патогенез отдельных ее симптомов. Многие концепции С. П. Боткина опережали взгляды современников и только в настоящее время стали доступны правильной оценке, свидетельствуя о гениальных предвидениях С. П. Боткина. Мнение о руководящем для врача значении физиологии четко высказывалось русскими учеными и ранее. Однако только С. П. Боткин открыл физиологическому эксперименту широкую дорогу в клинику. В лаборатории, организованной С. П. Боткиным при клинике, работал первые годы великий русский физиолог И. П. Павлов, на научную деятельность которого С. П. Боткин оказал большое влияние.
На важность изучения функционального состояния органов для клиники С. П. Боткин указывал неоднократно, подчеркивая несоответствие между патолого-анатомическими изменениями и степенью функциональных нарушений, например при болезнях сердца. С. П. Боткин был врачом-рационалистом. Он дал медицине строго научную основу, возглавив функциональное, физиологическое направление и проводя в клинике чрезвычайно широко идеи «нервизма» (боткинско-павловское направление русской медицины).
