Дыбенко совершенно не скрывал, что был освобожден из-под ареста под давлением вооруженного матросского отряда. Более того, он, вероятно, считал нормой такой стиль отношений между народным комиссаром и СНК. Он угрожал Совнаркому разоблачениями. Выступление Дыбенко в Самарском губисполкоме было полностью поддержано эсерами-максималистами, которые заявили о необходимости суда над всеми народными комиссарами. На вопрос меньшевика-интернационалиста Филиппа Яковлевича Рабиновича (1885–1937), «подчинится ли он решению губисполкома, если тот решит, что Дыбенко должен отправиться в распоряжение следственной комиссии», Дыбенко ответил: «В таком случае я подчиняюсь лишь силе».
Дыбенко превратился в неуправляемого политического лидера, что и решило его судьбу. Прежде всего следовало лишить Дыбенко и ему подобных вооруженной силы. 20 апреля 1918 г. газета «Рабочая и крестьянская Красная армия и флот» писала: «Окончательно решено в ближайшее время ликвидировать матросские отряды. На этом особенно настаивает морской комиссар Троцкий. Он представил доклад, в котором указывает, что флот реорганизуется на совершенно новых началах. Давно проведена демобилизация флота, а между тем по всей России существуют вооруженные группы матросов, считающие себя хозяевами флота и претендующие на руководство его судьбами. Помимо этого, под видом вооруженных матросов оперируют в настоящее время всевозможные преступные элементы. Некоторые меры ликвидации уже проводятся в настоящее время. У всех отрядов, не входящих в состав новой флотской организации, отбирается оружие. Отряды объявляются расформированными».
Остаются недостаточно проясненными обстоятельства того, почему Дыбенко прекратил сопротивление, как он был доставлен в Москву и как проходил суд над ним в 9–18 мая 1918 г., а также каково было его служебное положение в последующие несколько месяцев. Мы полагаем, что такой самобытный и энергичный человек, как Дыбенко, вряд ли подчинился добровольно.
На суде бывший наркоммор был оправдан. О внутреннем состоянии Дыбенко говорит запись в дневнике Коллонтай 16 января 1919 г.: «Еще далеко не залечилась рана от всего пережитого [им] во время суда». В тот же день в ее дневнике появилась и такая запись: «Странно, что я никогда не опасаюсь за его жизнь, у меня одна забота: чтобы он проявил себя дисциплинированным партийцем. Как бы опять чего-нибудь не натворил своей неукротимостью и чрезмерным усердием, а иногда и просто – как бы не наговорил глупостей». Представляется, что это суждение жены было очень верным.
