Идентификация ископаемого образца в качестве эмбриона неоспорима, когда он найден внутри ископаемого яйца. Более сложный случай — живородящие виды, то есть такие, которые не откладывают яиц, а рождают живое потомство, как это бывает у людей. Разграничить зародыша и последнюю трапезу может быть сложно, когда имеешь дело с ископаемыми остатками возрастом много миллионов лет. Зародыш — это маленький скелет «внутри» более крупного, и этот маленький скелет не несёт признаков повреждений, связанных с пищеварением. Анатомия и размер меньшего скелета, несомненно, имеют основополагающее значение для вывода о том, что он принадлежит к этому же самому виду. Противоречивые интерпретации не так уж и редки. Установление таксономической идентичности эмбрионов и ювенильных стадий — это также сложная задача. В некоторых случаях ассоциации настолько чёткие, что эмбрионы могут быть уверенно отнесены к конкретному виду. В других случаях отнесение образца к той или иной группе основано на некоторых уникальных особенностях, которые являются диагностическими для этой родословной ветви, но более точное таксономическое определение оказывается невозможным. Во многих случаях образцы, вначале описанные как представители различных видов, оказываются с большой степенью вероятности различными стадиями развития одного и того же вида. Редкие ископаемые остатки невзрослых особей — это словно моментальные снимки процесса индивидуального развития, и мы можем многое узнать о росте организма, если будем располагать их серией, или же если нам повезёт обнаружить критическую стадию, например, близкую ко времени рождения, которая сохранилась.
Ископаемые птенцы и новорождённые
При изучении истории индивидуальной жизни, относящейся ко времени рождения, перинатальный период и альтернативные стратегии развития — зрелое состояние (выводковое) против незрелого (птенцового) — имеют ключевое значение. Это состояние развития выклюнувшихся из яйца или новорождённых особей коррелирует со многими экологическими и поведенческими параметрами. В случае млекопитающих некоторые новорождённые детёныши весьма незрелые, у них нет шерсти и закрытые глаза — как у хомяков после периода беременности длиной примерно шестнадцать суток. Другие — гораздо более зрелые, рождаются с открытыми глазами, как у морской свинки после беременности, длящейся от шестидесяти до семидесяти суток. У новорождённого детёныша морской свинки и других близкородственных грызунов зубы уже частично сточены из-за движений челюстей, которые начались в утробе. Аналогичные крайности в изменчивости стадий развития при появлении на свет можно наблюдать у птиц.
