В послевоенный период в монастырских зданиях размещались разные учреждения (театр, трест столовых, вычислительный центр, НИИ физкультуры и другие, а также общежития и квартиры, мастерские). При этом паломничество к замурованной усыпальнице отца Иоанна Кронштадтского не прекращалось. Сохранились свидетельства, воспоминания очевидцев, что при особенно усердных молитвах перед замурованной усыпальницей на замурованном окошке монастырского подвала проявлялся лик Иоанна Кронштадтского.
В 1989 г. для созданного подворья Пюхтицского Успенского женского монастыря (Эстония) освободили крипту-усыпальницу и Свято-Иоанновскую церковь; в 1989 г. митрополит Ленинградский освятил эту церковь во имя Иоанна Рыльского. Затем начали восстанавливать собор во имя Двенадцати Апостолов. В 1991 г. Пюхтицкое подворье преобразовали в самостоятельный Свято-Иоанновский ставропигиальный (напрямую подчиненный патриарху) монастырь. Постепенно монастырю вернули комплекс исторических зданий и остатки сада. Постепенно восстановили и возродили монастырские храмы. В бывших покоях отца Иоанна разместили резиденцию Патриарха Московского и всея Руси.
В монастыре пребывают многие святыни: прежде всего это, как уже отмечалось, мощи праведного Иоанна Кронштадтского, образ святого Иоанна Кронштадтского с принадлежавшей ему епитрахилью, образ преподобного Иоанна Рыльского с частицей мощей, почитаемый образ Покрова Пресвятой Богородицы (чудесно обновился в 1992–1993 гг.), мироточивая икона праведного Иоанна Кронштадтского (впервые мироточила в 1999 г.), частицы мощей преподобных Сергия Радонежского, Александра Свирского, Серафима Саровского, Мартирия Зеленецкого (основателя Троицкого Зеленецкого монастыря в Волховском районе Ленинградской области), и других русских святых, мощевик с частицами Плащаницы Иисуса Христа и с частицами мощей многих святых, киот с частицами мощей многих святых, в том числе равноапостольной Марии Магдалины, рабочий стол праведного Иоанна Кронштадтского (стоит в Патриарших покоях). Среди святынь обители пожертвования патриарха Алексия II: Нерукотворный Образ Спасителя, иконы Иоанна Предтечи и Николая Угодника, а также святителя Иннокентия Московского и блаженной Матроны Московской с частицами мощей. В крипте имеется небольшой музей, рассказывающий об Иоанне Кронштадтском. В 1999–2002 гг. в монастыре построили часовню Покрова Богородицы (арх. А.П. Викторов, Н.Н. Никонов).
В Свято-Иоанновском монастыре очень много значимых с духовных позиций и ценных в художественном плане икон. Расскажем только об одной из них – подарке патриарха Алексия II – Нерукотворном Образе Спасителя Господа Иисуса Христа (Спас Нерукотворный, список).
