Адыги и другие народности края, а также казаки вместе с поляками находились в войсках Лжедмитрия I и остальных самозванцев, вплоть до казака Заруцкого, последнего мужа Марины Мнишек. Вместе с ханом Ногаем, правителем Ногайской орды, осколка татаро-монгольской империи, уцелевшей в степях от низовьев Волги до Кубани, Иван Заруцкий собирался идти против Руси. Но хан Ногай увидел тогда, что многие казачьи полки присягают царю Михаилу Романову, и покинул Заруцкого и Марину Мнишек, что и стало одной из причин их гибели. Казаки принимали участие и в освобождении Москвы от поляков. На русской стороне они подступили к Москве под командованием князя Д.Т. Трубецкого.
После освобождения Москвы от поляков в 1612 г. и восшествия на престол царя Михаила Романова в 1613 г. наступило время казачьих смут и препирательств с царской властью. Московские цари хотя и предоставляли казакам большие льготы, брали их на богатое обеспечение и доверяли защиту государственных рубежей, но потихоньку стремились прибрать их под твердую царскую руку. Последовавшие восстания вполне могли бы снести еще не окрепшие устои государства. Почти во всех казацких волнениях Азово-Черноморский край, включая его кавказские районы, служил дальним, укромным тылом, недоступным в степях и лиманах, в ущельях и каньонах русел стремительных горных рек с тысячами водопадов, со скрытыми горными аулами. На этот тыл опирались и Степан Разин, и Кондратий Булавин.
Турецкое правительство поощряло скопление в крае опасных русскому правительству людей и позволяло им селиться вблизи своих крепостей. Особую роль казачьи поселения края сыграли в XVII в. В 1688 г. атаманами Петром Мурзенко и Львом Манацким было основано Кубанское казачье войско. Организовалась своеобразная республика края. В течение 70 лет она принимала новые пополнения из казаков и беглого люда – раскольников, крепостных, кабальных посадских людей. Сюда после подавления восстания Кондратия Булавина и его гибели пришли казаки-некрасовцы, оставившие по себе особую память. Эти донские казаки во главе с атаманом Игнатием Федоровичем Некрасовым (ок. 1660–1737) в числе 3 тыс. человек с семьями (называют и 8 тыс.) ушли на Кубань, спасаясь от истребления. «Игнат-казаки» прибыли со знаменем, войском и 7-ю пушками. Хан Каплан-Гирей разрешил им поселиться в низовьях реки Кубани между городами Копылом и Темрюком, автономно и без податей. Некрасовцы возвели городки Голубинский, Блудиловский и Чирянский. Подступы прикрывали плавни и болота лимана.
