Последний раз Тмутаракань упоминается в летописях под 1094 г., когда князь Олег с половцами пришел в Чернигов (В.Н. Татищев, правда, считал, что Олег владел Тмутараканским княжеством и в 1113 г.). После этого глухие упоминания о Тмутаракани есть только в «Слове о полку Игореве», где она названа «землей незнаемой». Дикое поле половцев надолго отрезало княжество от земли русской. Именно тогда герой «Слова…» князь Игорь, внук Олега Гориславича, организовал боевой поход, чтобы «поискати града Тмутараканю».
Подчинение Тмутаракани русским князьям вовсе не означало преобладания в ней русского населения. В городе жили представители многих местных племен, и только княжеская дружина, видимо, была в основном русской. Окончательный уход русских дружин из причерноморских степей и с берегов Киммерийского Боспора на рубеже XI–XII вв., спровоцированный событиями в Киевском государстве, полностью разрушил связь Руси с Тмутараканью.
В эпоху монголо-татарского нашествия в приазовских степях образовалась самостоятельная орда во главе с ханом Ногаем, который установил дружеские отношения с Византией и даже женился на одной из дочерей императора Михаила Палеолога. По имени этого хана, татаро-монгольские племена Северного Кавказа стали называться ногайцами. Чуть позже возникла генуэзская колония на месте древней Гермонассы – Таматархи– Тмутаракани. На генуэзских картах XIV–XVI вв. на этом месте показан город Матрега. Генуэзское поселение здесь вряд ли было значительным, хотя в грамоте 1446 г. упоминается Симоне де Гвизольфи – князь Матреги или византийский консул, данник туземных правителей. Он женился на дочери половецкого хана Биха-ханум. С появлением итальянских купцов города Восточного Крыма и Тамани были вовлечены в мировую торговлю Западной Европы с Востоком. Судя по незначительной мощности культурного слоя генуэзского времени, Матрега сильно уступала итальянским городам Крыма: Кафе, Солхату, Боспоро.
Бывшая Матрега стала важным стратегическим пунктом оборонительной системы Оттоманской империи, контролирующим вместе с Керченской и Еникальской крепостями вход в пролив. Турки построили здесь значительную крепость под названием Хункала. Она находилась на берегу моря, в центре современной Тамани. Крепость ограждалась мощной каменной стеной с башнями. Две цитадели размещались в противоположных углах. В центре стены, обращенной к морю, находились ворота, ведущие к пристани. С противоположной стороны были другие ворота, выходившие в форштадт, или собственно город. Он был обнесен крепостной стеной. Античный водоем, облицованный каменными плитами, использовался для хозяйственных целей. В городе было шесть мусульманских мечетей и армянская церковь.
