Апартаменты государя, Царицына палата и комнаты царских детей соединялись многочисленными открытыми и закрытыми переходами, лестницами и сенями. В покоях царицы на каменных сводах второго этажа был устроен бассейн размером 10x8 метров, окруженный резной балюстрадой.
Среди прочих зданий Кремля выделялась Грановитая палата — главный тронный и церемониальный зал для особо важных заседаний и торжественных приемов иностранных послов. Над сенями у западной стены палаты было устроено тайное помещение с большим оконным проемом, закрытым «смотрильной решеткой», обитой красной тафтой на хлопчатой бумаге, и задергивавшейся занавеской с кольцами на медной проволоке. Через это потайное окно царица, малолетние царевичи, «старшие» (сестры Алексея Михайловича) и «младшие» (его дочери) царевны смотрели на великолепные церемонии, происходившие в палате.>{27}
На территории Кремля находились также двор патриарха, главные соборы Москвы — Успенский и Архангельский, несколько малых церквей и два монастыря: мужской Чудов и Вознесенский девичий. Здесь же располагался единый комплекс помещений, занимаемых центральными государственными учреждениями — приказами. В центре Кремля высился огромный белый столп Ивана Великого. Соборы, колокольни, Грановитая палата и патриарший двор окаймляли главную площадь Кремля — Ивановскую, которая была центром общественной жизни столичного града.
Украшением Кремля были прекрасные сады: верхний с большим прудом, расположенный на высоком берегу Москвы-реки, нижний — на уровне цокольного этажа Теремного дворца и маленькие «верховые» садики при всех жилых палатах. В кремлевских садах росли яблони, вишни, сливы, ореховые деревья, а вдоль дорожек и вокруг пруда — шиповник, цветы и пахучие травы. В жилых комнатах было много клеток с птицами — канарейками, соловьями, перепелами и даже попугаями. Всё это несколько скрашивало однообразную жизнь теремных затворниц.
На двенадцатом году жизни Софья лишилась матери. 26 февраля 1669 года Мария Ильинична произвела на свет тринадцатого ребенка — дочь Евдокию, которая спустя два дня умерла. А еще через три дня от послеродовой горячки скончалась и царица, не дожив месяца до своего сорокапятилетия. Похороны состоялись 4 марта в соборе Вознесенского девичьего монастыря Московского Кремля. На траурной церемонии присутствовал царь Алексей Михайлович. Об участии в похоронах детей источники не сообщают; вероятно, царевичи и царевны скорбели в своих покоях.
