Конфискация земель российскими властями у местного населения в пользу крестьян и казаков была не только фактором, вызывавшим антироссийские настроения в тот период, но стала также причиной враждебного отношения горцев как к царскому режиму, так и к новому населению в целом. Правительство пыталось «задобрить» местное население, раздавая знати должности и ордена, а в массах распространяя мысли об улучшении их образа жизни в составе Российской империи. Однако попытки навязывания горцам чуждых им социальных и политических институтов не встречали понимания. Обескровленные длительными боевыми действиями кавказские народы вынуждены были принять сложившуюся ситуацию. Все же активная фаза сопротивления закончилась с пленением и казнью в 1878 г. последнего имама Чечни — Алибека-Хаджи Алдамова.
Только 8 апреля 1872 г. российским императором Александром II было утверждено Положение об учреждении на Кавказе двух духовных управлений: «Управления духовными делами мусульман Шиитского учения» во главе с шейх-уль-исламом и «Управления духовными делами мусульман Суннитского учения» во главе с «Закавказским муфтием», оба — с центром в Тифлисе (совр. Тбилиси). Проблемы межконфессионального характера улаживались при присутствии представителей обоих «учений». Однако их действие распространялось только на Южный Кавказ, аналогичные вопросы на Северном Кавказе находились в ведении военных властей.
Таким образом, на протяжении всего периода конца XVIII — конца XIX в. российское правительство в тяжелейших условиях неприятия горцами колониальных властей искало пути и методы взаимодействия с местным населением, находя возможным, отстаивая свои геополитические интересы, в основном действовать жесткими мерами, и только к 70-м годам XIX в., когда людской ресурс у горского населения фактически иссяк, смогло перейти к мирным организационным мерам.
По-иному складывались дела в Казахстане и Средней Азии.
В 1822 г. был издан «Устав о сибирских киргизах», который распространялся на большинство казахов. Хотя его разработчиками выступили выдающийся законодатель М.М. Сперанский при участии будущего декабриста Г.С. Батенькова, этот односторонний документ лишь продемонстрировал недальновидность российского чиновничества. Российское государство решило заменить управление ханов на административно-территориальное. Решив заменить родо-племенное деление степного населения административно-территориальным, чтобы ослабить влияние
