В течение более четверти века Шамиль успешно возглавлял сопротивление имперским войскам, прибегая к тактике набегов на отдельные посты и селения, блокируя в ущельях вражеские отряды.
В июне 1839 г. огромные силы российской армии блокировали Шамиля в ауле Ахульго. Штурм аула длился два месяца, и ценой огромных потерь он был взят. Около двух десятков горцев сумели пробиться из окружения, среди них раненый Шамиль. При штурме погибла жена Шамиля и их грудной сын, а сестра Шамиля бросилась с горы, чтобы не попасть в плен, но российскими войсками был захвачен старший сын Шамиля. Битва была настолько катастрофической, что российскими властями даже была учреждена специальная медаль «За взятие штурмом Ахульго». Шамиль же в течение долгих лет продолжал возглавлять героическое сопротивление.
Однако объективно Шамиль располагал гораздо меньшими по сравнению с огромной империей экономическими и людскими ресурсами. В итоге, будучи блокирован в августе 1859 г. российскими войсками в ауле Гуниб с отрядом в 500 мюридов, старый шейх принял решение сдаться в плен. Лишь часть его людей последовала его примеру, многие предпочли смерть плену. Кто-то бросился вниз с горы, но предание чеченского народа сохранило сюжет, согласно которому один из его верных наибов, потерявший в боях глаз, руку и ногу, Байсангур из аула Беной, повел оставшихся людей на прорыв и сумел вырваться из окружения. Однако в 1861 г. он был ранен в одном из боев и попал в плен. Военной-полевой суд приговорил его к казни через повешение.
Следует отметить деятельность чеченского шейха Кунта-Хаджи Кишиева, активного последователя тариката кадирийа, приобретшего значительный вес на Северном Кавказе после поражения Шамиля, бывшего представителем накшбандийского тариката. Кунта-Хаджи начал проповеди в 50-е годы XIX в., в период Имамата Шамиля. Шейх призывал к прекращению насилия, проповедовал терпение и смирение, желая остановить кровопролитие, несущее беды и многочисленные потери его народу. Шамиль осудил выступление шейха. В отличие от тариката накшбандийа, где значительную роль в ритуально-обрядовых практиках играл тихий зикр (хафий), сторонники кадирийа проповедовали громкий зикр (джахрий). В период 1861—1863 гг. Кунта-Хаджи пребывал в Мекке, по возвращении он приобрел много сторонников. Однако поскольку Шамиль потерпел поражение, многие его сторонники решили провозгласить имамом Кунта-Хаджи, увидев в нем нового лидера сопротивления, хотя тот проповедовал мир. В 1864 г. царские власти, боявшиеся появления нового лидера у кавказских народов, поспешили арестовать шейха. Весть об аресте учителя стала неожиданностью для многих его последователей. В ауле Шали собрались несколько тысяч последователей шейха из всех аулов Чечни, потребовав у властей его освобождения. Однако российские власти стянули сюда значительные военные силы. Отчаявшиеся последователи шейха, среди которых были и переодетые в мужскую одежду женщины, сложили огнестрельное оружие и, выполняя
