Царствование Екатерины II в целом было более благоприятным временем для мусульман по сравнению с предыдущими десятилетиями. Несмотря на то, что захват Черноморского побережья от Днепра до Дуная и от Дона до Кубани, а также Крыма и ликвидация в 1783 г. Крымского ханства спровоцировали вынужденное переселение сотен тысяч мусульман на территорию Османской империи, мусульмане получили возможность свободно исповедовать свою религию и создавать религиозные учебные заведения. Все это показывает, что руководство страны начинает осознавать государственное значение мусульманского фактора.
Однако в контексте российско-крымских отношений имело место одно из трагических событий в истории тюркских мусульманских народов России. Именно в связи с внешнеполитической обстановкой стали более остро вставать вопросы о контроле пограничных территорий. Крымское ханство было отделено от Османской империи и признано независимым владением по условиям Кючук-Кайнарджийского мирного договора, заключенного в 1774 г. Это обстоятельство дало возможность России непосредственно оказывать влияние на политику ханства, не опасаясь вмешательства османов. Между тем Крымское ханство включало в свой состав не только территории самого Крыма, в его подчинении находились земли некоторых народов, проживавших в Приазовье и на Северо-Западном Кавказе. По мирному договору Россия уже получила Керчь, Азов, Еникале и Кабарду. Пророссийская политика последнего крымского хана вызывала недовольство не только среди собственно крымско-татарской знати, но и среди представителей подданных хана. В 1781—1782 гг. территорию Крымского ханства охватывает восстание, затронувшее и кубанские территории, населенные ногайцами. Против ополчений ногайских мурз были отправлены регулярные войска под руководством А.В. Суворова, уже известного своей жестокостью во время подавления Пугачевского бунта и позже прославившегося как душитель освободительного движения в Польше. Разбив ногайские войска, он начал карательные акции против ногайского населения, что привело к огромным потерям среди этого народа и массовым миграциям ногайцев на территории Восточного Кавказа и Закубанья, не подконтрольные тогда Российской империи.
Важные события для истории ислама в России происходят в самом конце правления Екатерины II. 28 января 1783 г. Екатериной II был издан указ «О дозволении подданным магометанского закона избирать самим у себя ахунов», т.е. глав духовенства на определенных территориях, однако эти ахуны должны были быть подданными Российской империи. В 1784 г. вышел указ о «позволении Князьям и Мурзам Татарским пользоваться всеми преимуществами Российского дворянства» (напомним, что в 1785 г. была издана «Жалованая грамота дворянству», сделавшая дворянство привилегированным сословием, подверженным даже собственному внутреннему суду). Согласно ей татарским мурзам и башкирским старшинам были предоставлены права российского дворянства.
