Кроме того, что политика властей могла спровоцировать разрушение христианских церквей в соседних мусульманских странах, в ответ на нее в 1736—1740 гг. среди башкир вспыхнуло восстание Карасакала, а в 1755—1756 гг. среди башкир и татар на Урале — кампания гражданского неповиновения, известная как восстание Батырши (Абдулла Алиев). Для подавления восстания царское правительство пыталось привлечь казахов Младшего жуза, часть из которых соблазнилась предложением и совершила несколько набегов на башкир. Этими отрядами казахов были захвачены и проданы в рабство многие башкирские семьи, бежавшие за реку Урал от царских войск. Этот акт спровоцировал охлаждение башкирско-казахских отношений на долгое время.
Так или иначе, после подавления башкирского восстания политика царского правительства в отношении мусульман все же несколько изменилась. Так, уже в 1755 г. было отменено решение правительства о том, что мусульмане должны нести рекрутскую повинность за новокрещеных, а в 1756 г. Сенат издал указ «О допущении татар магометанского закона, жительствующих особыми деревнями в Казанской, Нижегородской, Астраханской и Сибирской губерниях, к постройке мечетей и о переселении новокрещеных татар в другие деревни».
Если в 1756 г. был переведен в регион без мусульманского населения главный активист Новокрещенской конторы Лука Канашевич, получивший в татарском фольклоре кличку Аксак Каратун, то уже в 1764 г. Новокрещенская контора была закрыта. В 1767 г. императрица Екатерина II разрешила выстроить две каменные мечети в Казани — впервые после падения города в 1552 г. 17 июня 1773 г. был издан указ Синода о «терпимости всех вероисповеданий», фактически окончательно положивший конец политике насильственной христианизации. 17 марта 1775 г. вышел манифест императрицы «О высочайше дарованных разным сословиям милостях по случаю заключения мира с Портою Оттоманскою», также касавшийся и мусульман.
В работе Уложенной комиссии 1767 г. принимало участие 28 делегатов-мусульман от различных губерний России. Несмотря на то, что степень их активности была различной, многие из них поднимали чрезвычайно актуальные вопросы, требуя прежде всего свободы вероисповедания и равенства с христианами, выступая против ограничений на торговлю для неправославных (в этом вопросе депутаты-мусульмане объединились с язычниками Урало-Поволжья). По социальному составу делегаты преимущественно представляли мурз и купечество.
