В 1571—1574 гг. в Поволжье полыхало новое восстание, участники которого тщетно рассчитывали на помощь крымского хана. Следует также упомянуть и о последовавшем в 1582—1584 гг. восстании татар и мари (черемис). Это так называемая Третья черемисская война, в которой местные народы выступили против злоупотреблений местной царской администрации. Это восстание было наиболее масштабным, но оно также было подавлено с огромной жестокостью. Стремясь закрепиться на этих землях, московский царь бросил значительные силы на то, чтобы увеличить здесь численность христианского населения, для чего предпринимались различные меры: от принуждения к принятию крещения до истребления несогласного населения и заселения их земель русскими. Многие представители местных народов были вынуждены уходить в недосягаемую глушь (чуваши, мари, казанские татары) или эмигрировать в более восточные, недосягаемые для московских царей, районы (казанские татары, мари, удмурты). Подобные миграции хотя и носили спорадический характер, но продолжительность периода, в течение которого они имели место (вплоть до XVIII в., когда произошла их повторная активизация), свидетельствует о продолжении нажима со стороны московского правительства.
Курс к ужесточению политики был взят уже при более слабом преемнике Ивана IV — царе Федоре Ивановиче (1584—1598), оставшемся в истории под прозвищем «Блаженный». Реальная власть при нем находилась в руках его шурина Бориса Годунова. Казанский митрополит Гермоген писал царю письма, в которых выражал обеспокоенность тем, что татары восстанавливали мечети в Казани. 18 июля 1593 г. появилась «Царская грамота в Казань, о построении слободы с церковью и переводе туда из уезда новокрещенов, поколебавшихся от соседства с иноверцами в православной вере, о разрушении татарских мечетей, с запрещением впредь строить оные…». Несмотря на локальный характер этого распоряжения, это был один из поворотных моментов во взаимоотношениях центральной власти с мусульманским населением регионов.
Взятие под свой контроль волжской торговой магистрали способствовало усилению Московского государства на политической арене. Однако завоевание самих земель, таким образом, имело и другие последствия: на территории, занятые прежде народами различных культур, в том числе мусульманскими, с запада устремился поток переселенцев: из дворян, получавших здесь поместья, а также монахов, беглых крестьян и различных авантюристов. Уже не контролируемая государством, волна насильственной христианизации захлестнула территории Поволжья, Приуралья и Западной Сибири. Колонисты основывали на этих землях свои опорные пункты, вынуждая местное население покидать свои территории или обращаться в христианство, превращая его в объект эксплуатации.
