Комиссия по культам разбирала и действия советских и партийных работников, которые в той или иной мере способствовали сохранению действующих мечетей. Бывший председатель ЦИК Татарской АССР Г.Г. Байчурин не разрешал работникам Комиссии по культам Татарского ЦИКа отправку в Москву докладных записок и материалов о состоянии религиозного движения и о практике проведения в жизнь законодательства о культах в Татарской АССР. Будучи ответственным работником аппарата республиканского парткома Татарской АССР, Байчурин при ликвидации мечетей давал установки по запрещению снимать минареты, объясняя это тем, что местные плотники не сумеют хорошо заделать отверстия в крыше… Второй секретарь Татарского ОК ВКП (б) Г.М. Мухаметзянов у себя на родине в селе Татарская Бездна на собраниях колхозников под предлогом того, что Конституция 1936 г. предоставила избирательные права служителям культа, проводил на них выборы мулл.
Но бывало, комиссия по культам нередко по рассмотрении жалоб и отказывала в закрытии мечетей. Это касалось, как правило, четырех причин: закрытие мечетей без установленного законом порядка, когда нет постановления Президиума ОблИКа или ЦИК АССР или ССР; нет объявления о закрытии, верующим не дается положенного времени на обжалование решения в ЦИК республики; закрывали, не дождавшись решения по жалобе верующих; закрытие за ветхостью. В последнем случае религиозному обществу давался преувеличенный план по ремонту и нереальные сроки его выполнения. При этом сборы денег на ремонт культовых зданий запрещали. Закрытие мечетей по причине «эпидемий». Обычно это делалось только по отношению к культовому зданию и перед большими религиозными праздниками без объявления карантина в районе. Изъятие культовых зданий под ссыпку зерна, когда не хватало мест для его хранения. Свои действия комиссия по культам объясняла отсутствием массовой разъяснительной работы среди населения на местах и желание местного руководства быстрее отрапортовать о выполнении положений об антирелигиозной работе во вверенном им регионе.
В двух случаях по жалобам верующих комиссия всегда запрещала закрывать мечети: дальность расстояния до ближайшего действующего религиозного храма (расстояние колебалось от 10 до 30 км) и последнее открытое молитвенное здание в районе.
Подобные комиссии по культам были созданы во всех ССР, кроме Таджикской ССР. В Азербайджанской ССР такая комиссия установила завышенную норму для создания религиозного общества — 50 человек. В других регионах страны эта цифра колебалась от 10 до 20 человек. Комиссия по культам в Узбекской ССР пошла дальше всех. В республике насчитывалось 3457 закрытых мечетей, которые вообще никак не использовались. Особенно много таких закрытых мечетей было в Андижане и Маргелане. В Шарабадском районе Узбекской ССР были закрыты все (101) мечети. Такого не было в тот период ни в одном другом регионе СССР.
