В целом М. Султан-Галиев предложил создать мусульманскую социалистическую республику в составе СССР при присоединении Восточного Туркестана, тюркских районов Ирана и Афганистана. Фактически своими идеями М. Султан-Галиев поддерживал освободительную борьбу угнетенных народов Востока против «империалистического Запада».
Однако в мае 1923 г. М. Султан-Галиев был обвинен в антипартийной и антигосударственной деятельности, исключен из большевистской партии и арестован. В его защиту выступили многие представители национальностей. Уже в июне он был освобожден, но был отстранен от работы. Второй раз его арестовали в 1928 г., обвиняя его в национализме. В 1930 г. М. Султан-Галиев был приговорен к расстрелу, но приговор заменили на 10 лет заключения, до 1934 г. он отбывал срок на Соловках. Хотя в 1934 г. его выпустили, в 1937 г. он был вновь арестован, а в декабре 1939 г. снова приговорен к расстрелу. Его казнили 28 января 1940 г.
В Советском Союзе его имя стало нарицательным, поскольку под борьбой с «султангалиевщиной» понималась любая, рассматриваемая большевиками как антиправительственная, деятельность, хоть как-то затрагивающая вопросы национальной самобытности, истории, культуры. С конца 20-х по 40-е годы XX в. прошла волна репрессий в отношении национальной интеллектуальной элиты, в том числе мусульманских народов. Любые прогрессивные идеи, хоть как-то шедшие в разрез с официальным курсом И.В. Сталина, даже любые попытки обратить внимание на особенности национальных культур, сводились под единый знаменатель контрреволюционности и реакционизма, фабриковались дела о шпионаже и подрывной деятельности.
С идеями, близкими к взглядам М. Султан-Галиева, выступил один из коммунистических лидеров Туркестана, председатель Мусульманского бюро Туркестанской коммунистической партии Т.Р. Рыскулов (1894—1938). Он предложил концепцию мусульманского социализма и создание коммунистической организации тюркских народов. Также им была предложена идея проводить выборы в ЦК ВКП (б) на основе национального представительства — от каждой национальной республики и области. Т.Р. Рыскулов высказал идею об организации при каждом наркомате в Москве особого представительства национальных республик. Однако все его предложения не были приняты. В середине 30-х годов Т.Р. Рыскулов был объявлен «врагом народа» и расстрелян 10 февраля 1938 г.
Уничтожение национальной элиты стало одним из главных итогов деятельности И.В. Сталина на посту лидера многонационального государства. Вместе с тем нужно, по-видимому, объективно признать тот факт, что, несмотря на все недостатки, большевики, так или иначе признали хотя бы сам факт существования национального вопроса в огромной стране.
